Desde hace aproximadamente una década diversas poblaciones asentadas en la ribera del lago han manifestado problemas de salud pública como insuficiencia renal crónica, malformaciones congénitas y cáncer, entre otras. La peculiaridad que guarda este fenómeno radica en la proporción tan elevada de la población que se encuentra afectada. Según la percepción de los pobladores, la calidad del agua de sus fuentes locales, así como del propio lago de Chapala, guardan relación con el mal estado de salud de las personas. A pesar de que existe certeza de que el lago tiene un grado de contaminación se desconoce en gran medida cuáles son los riesgos a los que están expuestas las poblaciones y el ecosistema. Aun así, existen evidencias innegables de que algo está ocurriendo.