El esfuerzo de Mendoza produjo un cambio fundamental en la vida mendocina tanto en el aspecto económico como social y dejó profundas huellas durante mucho tiempo. Cuyo decidió introducir una serie de mejoras para enfrentar el esfuerzo que se le exigía, decidieron hacer una ampliación de la Red de irrigación para incorporar nuevas tierras para el cultivo de maíz, trigo y cebada y otros productos agrícolas, que no sólo alimentaron a las tropas sino a los animales que participarían en la batalla. También explotaron minas de la región con con el fin de hacer armas y municiones.

También se prepararon mantas y ponchos para abrigar a los hombres y animales. Como el cruce debía ser a lomo de mula se alistaron 7359 mulas de silla y además para carga 1922, y para cuando hubiera que pelear 1600 caballos .También San Martín llevó 47 médicos de campaña.

Y el ejército de los Andes llegó a reunir más de 5000 hombres

A mediados de enero de 1817, el ejército de los Andes comenzó el cruce de la cordillera por seis pasos diferentes.

Dos columnas atravesaron por los pasos de Uspallata al mando de Gregorio de las Heras y otro de los patos.

Bajo las órdenes de San Martín y del militar Bernardo O’Higgins.

El 12 de febrero de 1817, el ejército de los Andes derrotó a los españoles en la batalla de Chacabuco, este triunfo permitió tomar Santiago de Chile.

O´'Higgins fue nombrado director supremo y el 12 de febrero de 1818 declaró la independencia chilena. El 19 de marzo de 1818 los realistas atacaron por sorpresa campamento patriota de cancha rayada. Hubo que hacer un gran esfuerzo para reorganizar las tropas. Hubo una victoria que fue la de Maipú que aseguró la libertad de Chile al mando de San Martín.

La Guerra de Zapa fue una estrategia secreta para liberar Chile, ya que San Martín ya sabía que necesitaría un ejército fuerte. Quería que los enemigos se debilitaran desde el adentro. Él mandó a que enviaran información falsa con espías y buscó que sintieran desconfianza entre los realistas. Organizó una Red muy eficiente de espías, usaban cartas falsas y hacían circular rumores, uno de esos rumores fue que supuestamente iban a atacar por el sur. Uno de sus mejores agentes fue Manuel Rodríguez que era muy valiente e inteligente. Los realistas también tenían espías pero muchos de ellos eran traicionados por sus propios mensajeros, que preferían trabajar para San Martín porque les pagaba mejor y porque creían en la causa de la independencia. San Martín fue muy cuidadoso y vigilaba a todos los que cruzaron por la frontera, pedía salvoconductos y castiga a los quienes pasaban información al enemigo. También manejaba los fondos destinados al espionaje, aunque era caro, fue una parte clava del éxito.

Finalmente en junio de 1816 se definió el plan, cruzar la cordillera por paso de Uspallata y Los Patos, dividir a las fuerzas enemigas y tomar Santiago por sorpresa. El espionaje había dado resultado, cuando llegó el momento de cruzar por los Andes los españoles estaban confundidos y mal ubicados, así fue como San Martín logró ventaja. El enemigo estaba en Chacabuco y ahí perdió la guerra, la guerra de Zapa había funcionado

Para formar el Ejercito que lo ayudaría a cruzar por Los Andes, asumió como gobernador de Cuyo en 1814.

Mendoza colaboro muchísimo para aquella batalla. También colaboro activamente enviando dinero y recursos materiales para equipar las tropas el nuevo director supremo Juan Martín de Pueyrredón.