Trường THCS Vân Canh được thành năm 1959, tiền thân là trường cấp II Thọ Nam nằm trên khu đất có diện tích là 5.557m². Năm học 1960-1961, nhà trường được Ty giáo dục Hà Đông công nhận là Đơn vị Tiên tiến xuất sắc, vinh dự được Bộ trưởng Nguyễn Văn Huyên về thăm. Năm học 1976 -1977, được công nhận là trường Tiên tiến Xuất sắc nhất Hà Sơn Bình. 

Trong những năm thuộc SGD&ĐT Hà Nội quản lý, nhà trường luôn được Thành phố công nhận là trường điểm về cải cách giáo dục, được đi báo cáo điển hình ở nhiều nơi. Năm học 1986 - 1987, được Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội xếp thứ 3 về chất lượng trí dục, trường được 6 lần nhận cờ thi đua của Sở GD&ĐT Hà Nội. Năm 2004, đúng vào dịp kỷ niệm 45 năm ngày thành lập trường, trường THCS Vân Canh vinh dự được nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.

 64 năm xây dựng và trưởng thành, trường THCS Vân Canh liên tục đạt Tập thể xuất sắc cấp Thành phố; Công đoàn nhà trường liên tục là Công đoàn vững mạnh cấp Huyện, cấp Thành phố. Năm 2003, Chi bộ trường THCS được nhận bằng khen của tỉnh Hà Tây tổng kết chỉ thị 34 của Bộ chính trị về công tác Đảng trong trường học. Năm 1995, trường được công nhận là đơn vị hoàn thành phổ cập THCS đầu tiên của huyện Hoài Đức. Năm 2012, trường đã vinh dự được UBND thành phố Hà Nội công nhận danh hiệu TRƯỜNG CHUẨN QUỐC GIA. Công đoàn trường được Liên đoàn Lao động thành phố Hà Nội tặng Bằng khen, được BCH công đoàn ngành giáo dục Hà Nội tặng giấy khen. Năm học 2019-2020, trong dịp kỷ niệm 60 năm thành lập, trường THCS Vân Canh vinh dự được nhận Bằng khen của UBND Thành phố Hà Nội và Bằng khen của Bộ Giáo dục-Đào tạo. Năm học 2022 – 2023 nhà trường được công nhận là Tập thể Xuất sắc cấp Thành phố, Bằng khen của Bộ Giáo dục và Đào tạo và Chi bộ Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ.

Năm học 2023 – 2024, trường có 54 cán bộ, giáo viên, công nhân viên. Đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên tay nghề vững vàng, 100% giáo viên nhà trường đạt chuẩn, trong đó có 8 thầy cô giáo có trình độ thạc sĩ. Trường duy trì tốt chất lượng dạy và học cũng như các phong trào nói chung của ngành giáo dục và đào tạo.Trường có 23 lớp với 999 học sinh chia theo tuyến tuyển sinh, ngoài ra trường còn tiếp nhận một số trường hợp học sinh ngoài tuyến có nhu cầu được học tập tại trường. 

Từ ngôi trường này đã có nhiều thế hệ học sinh trưởng thành, đang cống hiến sức mình để xây dựng đất nước và làm rạng danh tên vàng THCS Vân Canh. Trường THCS Vân Canh tiếp tục phát huy truyền thống quê hương khoa bảng, thành tích trường đạt chuẩn quốc gia, chủ động sáng tạo, đổi mới trong quản lý và giảng dạy, không ngừng nâng cao hơn nữa chất lượng giáo dục và đào tạo trong những năm tiếp theo.