Principales Alteraciones Genéticas:

• Variaciones estructurales (SVs): translocaciones, inserciones, inversiones.

• Variaciones en el número de copias: deleciones, duplicaciones.

• Aneuploidías: trisomías, monosomías.

• Mutaciones en genes clave: como KRAS, NRAS, FAM46C, DIS3 y TP53.

Subtipos Citogenéticos:

• Mieloma hiperdiploide (HDM): ganancia de cromosomas impares (3, 5, 7, 9, 11, 15, 19).

• Mieloma no hiperdiploide: presenta translocaciones del gen IGH, que activan oncogenes como NSD2, MAF, CCND1 y CCND3.

Limitaciones actuales:
Muchas anomalías genéticas no se han integrado aún en la práctica clínica debido a:

• La falta de métodos sistemáticos para su detección.

• Dificultades para evaluar su impacto pronóstico y terapéutico.

Se requiere el desarrollo de técnicas más rápidas, sensibles y con enfoque pangenómico.

Pronóstico clínico actual:
Se utilizan los sistemas R-ISS y R2-ISS para estratificar el riesgo del paciente:

• R-ISS: incluye translocaciones t(4;14), t(14;16) y deleción de TP53.

• R2-ISS: añade la ganancia de 1q21.

Ambos combinan alteraciones citogenéticas de alto riesgo con biomarcadores séricos.

Limitaciones de FISH:

• No es pangenómica.

• Está restringida a pocas sondas por costo y logística.

• Su interpretación puede ser compleja.

• Riesgo de falsos negativos por pérdida de secuencias cercanas al punto de ruptura en IGH (>15 % de casos).

Mapeo Óptico del Genoma (OGM):
OGM es una técnica genómica de alta resolución y cobertura total que:

• Detecta SVs, CNVs y aneuploidías con precisión.

• Usa ADN de ultra alto peso molecular etiquetado con fluorescencia (fragmentos de 250 kb a 1 Mb).

• Genera mapas genómicos detallados y comparables en costo al FISH limitado.

Aplicación y validación de OGM:

OGM ha mostrado eficacia en neoplasias hematológicas y, en este estudio, detectó alteraciones clave del MM y reveló nuevas con valor clínico.

Procesamiento y Conservación:
Células CD138⁺ purificadas por inmunomagnetismo y conservadas a −80 °C. Se evaluó viabilidad tras descongelación para extraer ADN.

Análisis por FISH:
Se usaron 5 sondas dirigidas (TP53, IGH/FGFR3, IGH/MAF, etc.). Se analizaron 200 núcleos por sonda. FISH sirvió como referencia para comparar con OGM.

Mapeo Óptico del Genoma (OGM):
Se extrajo ADN de ultra alto peso molecular y se analizó con el sistema Saphyr®. Se obtuvieron ~1500 Gbp por muestra.

Análisis OGM:
Se utilizó el software Bionano Access (RVA). Se validaron translocaciones IGH si coincidían con FISH y el punto de ruptura estaba cerca del oncogén. También se identificaron CNVs, aneuploidías y nuevas variantes estructurales relevantes.

Muestras incluidas:
Solo 20 pacientes tuvieron muestras válidas (ricas en células CD138+). Diagnósticos de los incluidos:

• 12 con mieloma múltiple de novo

• 6 en recaída o refractarios

• 1 mieloma latente

• 1 leucemia de células plasmáticas

Muestras excluidas (25):

• 19 por no cumplir criterios de inclusión o problemas en el muestreo

• 5 por baja recuperación de CD138+

• 1 por fallas con las perlas magnéticas

Problema común:
La baja cantidad de células CD138+ es una limitación frecuente en laboratorios clínicos.

Relevancia:
Aunque no aptas para FISH, muchas de estas muestras podrían aprovecharse con la técnica OGM.

1. Kit de 1ra gen. sin extracción de perlas

2. Kit de 1ra gen. con extracción de perlas

3. Kit de 2da generación

Mejores resultados (2da gen):

• N50 ≥ 290 kbp

• Cobertura efectiva: 439x

• Tasa de mapeo: 92%

• Mejor calidad y reducción del tiempo de escaneo

Caso especial (muestra 45):
Excluida del cálculo por baja lectura total, pero se mantuvo por detectar translocación t(4;14) confirmada con FISH.

Conclusión:
La evolución del protocolo mejoró notablemente la calidad del análisis OGM.

• Translocaciones IGH

• Deleciones 17p/TP53, 1p32/CDKN2C

• Ganancias 1q21/CKS1B

• Aneuploidías

Precisión comparada con FISH:

• Translocaciones: 100%

• Deleciones: 92.5%

• Ganancias: 95%

Aporte adicional de OGM:

• Identificó biomarcadores pronósticos adicionales en 6 casos

• 30% de aumento en capacidad pronóstica

• Reveló alta complejidad en casos hiperdiploides

Casos de novo vs. recaída:

• Mieloma de novo: promedio 60 SVs y 59 CNVs

• Recaída: promedio 70 SVs y 68 CNVs

Conclusión:
OGM supera a FISH en precisión y detalle genómico, con un enfoque más integral.

• t(11;14): muestras 3, 24, 25, 37, 41

• t(4;14): muestras 7 y 45

• t(6;14): muestra 12

• t(14;16): muestra 2

• t(14;20): muestra 44

Variantes complejas nuevas:

• t(14;16;8;8)

• t(11;16;19)
  Aún sin caracterizar clínicamente.

Pérdida del cromosoma 13:
14/20 casos con esta anomalía
Genes eliminados: DLEU1, DLEU2, RB1

Casos hiperdiploides (10):

• Ganancias frecuentes en cromosomas 5, 9, 15

• Copias adicionales: trisomías, tetrasomías, pentasomías

• Variabilidad en SVs y CNVs (0 a 21 translocaciones)

Ejemplos notables:

• Muestra 5: patrón clásico y moderado

• Muestra 18: genoma complejo con 31 translocaciones

Conclusión:
OGM permite caracterizar tanto anomalías conocidas como nuevas y evaluar la complejidad del genoma con precisión.

Consecuencia:
En casos triploides o tetraploides, pueden interpretarse erróneamente pérdidas (monosomías falsas).

Casos no diploides detectados:
Muestras 1, 12, 33 y 44

Solución parcial:
Uso del análisis de novo para estimar niveles de ploidía impar mediante ratios alélicos.

Limitaciones del de novo:

• No aplicable en ploidías pares

• Requiere mayor cobertura (≥ 250x)

• Afectado por subclones, mosaicismo y SVs múltiples

Conclusión:
Aunque tiene limitaciones en la estimación de ploidía, OGM ofrece ventajas significativas en precisión estructural frente a FISH.

• Deleción 17p/TP53:
  Marcador pronóstico clave. OGM detectó todas las deleciones vistas por FISH, aunque falló automáticamente en 2 casos (una por baja frecuencia, otra por error del software). Las deleciones fueron grandes (7–22 Mbp) y asociadas a translocaciones y a deleciones en 8p.

• Deleción 1p/CDKN2C:
  Detectada en muestras diploides y no diploides. Algunas abarcaron casi todo el brazo 1p. También se encontraron deleciones recurrentes en 1p12, posiblemente asociadas al gen NRAS y resistencia a fármacos.

• Ganancias y amplificaciones 1q/CKS1B:
  OGM identificó correctamente las ganancias. En amplificaciones, subestimó en algunos casos por ploidía o mosaicismo. Se recomienda ajustar los valores de frecuencia de copias.

• Alteraciones 8q24/MYC:
  OGM detectó translocaciones y deleciones en el 55% de las muestras. Algunas no fueron confirmadas por FISH por su naturaleza compleja. Estas alteraciones están ligadas a mal pronóstico.

• En IGH, los puntos de ruptura abarcaron un rango de 1.28 Mb, afectando distintas zonas (VDJ, constantes, PACS2).

  
  

• En t(11;14), solo un caso tuvo ruptura directa en CCND1; los demás fueron cercanos.

  
  

• En 8q24.21, los puntos se localizaron principalmente en PVT1 y CCDC26, no en MYC.

También se encontraron rupturas que afectan directamente oncogenes como CCND1, CCND3, WWOX y NSD2, lo que podría tener implicancias pronósticas.

Aunque OGM tiene una precisión de ~3 kbp, ofrece mejor resolución que FISH. Se sugiere complementar con WGS para caracterización detallada.