Firmaría también los tratados de Miramar con Napoleón III, documento mediante el cual Francia se comprometía a respaldar al imperio de Maximiliano durante 6 años, con 25 mil soldados que paulatinamente se irían reduciendo, a su vez el segundo imperio mexicano se comprometía a pagar los gastos que se crearían por motivo de la intervención. Además, reconocía todos las deudas con acreedores franceses y el gobierno de Maximiliano debía de llevar una línea liberal.

Su gobierno se desarrolló en bastantes aspectos de forma liberal, muy a pesar de los conservadores que deseaban influir en su gestión, éste se rodeó de liberales mexicanos y proclamó leyes muy similares a las decretadas antes y después de la guerra de reforma, esto le acarreó conflictos con las autoridades eclesiásticas, principalmente, ya que uno de estos decretos permitía la libertad de culto, aunque sosteniendo que la católica fuera la religión de Estado

Igualmente reafirmó la desamortización de bienes pertenecientes a la Iglesia, así como que la gestión del registro civil y de los cementerios quedara en manos del imperio.

Estos decretos causaron un rompimiento con las autoridades eclesiásticas mexicanas, que sintieron su influencia política desvanecerse, así también sucedió que el apoyo de las familias ricas comenzó a cesar. La polémica decisión de eliminar la educación pública gratuita, la creación de la Academia Imperial de Ciencias y Literatura, además de la reorganización de la Academia de San Carlos, y la división territorial del país en 50 departamentos, fueron algunos de los aspectos importantes de su gobierno.

Por otro lado, en Europa tenían la amenaza de Prusia, que pretendía derribar el poder político de Francia en la región. Ante ambas situaciones, Napoleón III resuelve el retiro en 1866 de las tropas francesas, comenzando a embarcarse hacia Francia desde el puerto de Veracruz el 8 de diciembre de 1866, terminando de salir el 11 de marzo de 1867

Sin el apoyo militar de los ejércitos de Napoleón III hacia el imperio de Maximiliano, y con el caso omiso de las súplicas de su esposa Carlota Amalia a Napoleón III y al papa Pio IX, de no abandonar a su suerte al Segundo imperio mexicano, el emperador decide abdicar al trono de México

Aunque Maximiliano reorganizó el llamado Ejército Imperial, cuyos generales fueron Márquez, Miramón y Mejía, con el retiro del ejército francés progresivamente el ejercito republicano comenzó a tomar antiguas posiciones imperialistas como la ciudad de Puebla, tomada el 2 de abril de 1867, y la ciudad de México el 21 de junio del mismo año. Victorias comandadas por el general Porfirio Díaz.