Le cause furono principalmente le continue guerre, la peste e il cambiamento climatico che portò una piccola glaciazione. Si diffusero malattie del bestiame e i raccolti di cereali diminuirono e per questo i cibi furono sempre più scarsi e poco nutrienti. Le città non erano organizzate per una simile emergenza, nessuno era in grado di porre rimedi ai disastri delle colture.

Intorno al 1347-1348 esplose un'epidemia di peste proveniente dall'Oriente. Alcuni navi italiane partirono dal Mar Nero e dalla Siria per sfuggire al morbo, che era già scoppiato in quelle terre. Probabilmente i portatori del morbo furono i topi che infestavano le navi. La peste è causata da un batterio che vive all'interno delle pulci, le quali si trovano facilmente all'interno dei peli di topi. La presenza di parassiti non era un fatto strano per la popolazione per questo nessuno pensò di associare la peste a questi animali.

In quell'epoca nessun rimedio tra quelli in uso servì a fermare l'epidemia. Le vittime erano sempre più numerose nelle città, in molti luoghi furono vietate le riunioni e chi ne aveva la possibilità si rifugiava in campagna. L'epidemia si diffuse in tutta Europa fino al 1389 e la popolazione si ridusse  di un terzo, con zone di alta mortalità e zone dove la peste fu meno violenta.