El 25 de Agosto de 1985 la casa alemana Hoenigsberg Wessels & Cia firma el contrato para la construcción del Ferrocarril de Bolívar el cual se comenzó a construir hasta 1869 y se inauguró el 1 de enero de 1871 como respuesta a la necesidad de contar con un medio de transporte que agilizara una conexión más rápida entre Barranquilla y el puerto de Sabanilla.

Para 1887 la compañía Barranquilla Railway & Pier Company Limited, adquiere la línea Barranquilla – Salgar, con el objetivo de extender el ferrocarril hasta Bahía Cupino, lugar donde se construye el muelle de Puerto Colombia, línea férrea que se inaugura en 1893.

En 1932, con la construcción de la carretera a Puerto Colombia, el ferrocarril fue perdiendo auge, hasta suspender el servicio definitivamente en 1943; fecha en la que las autoridades ordenaron el levantamiento de las vías férreas.

A mediados de 1888 se construye con madera creosotada la primera sede de la Estación del Ferrocarril, que estuvo en pie hasta el año de 1922, cuando Juan Antonio Colina De la Rosa construye la nueva sede en mampostería, inaugurada el 5 de diciembre de 1923; constituyéndose en uno de los primeros edificios construidos con cemento por The Barranquilla Railway & Pier Company Limited.

En la Estación del Ferrocarril funcionaba la oficina para despachos de los trenes, la oficina del teléfono y el salón de pasajeros; siendo ejemplo de las primeras edificaciones construidas con el cemento que entró en barriles por el muelle de Puerto Colombia y es testigo del esfuerzo de los atlanticenses por alcanzar el mercado internacional.

El muelle de Puerto Colombia fue el epicentro del comercio exterior colombiano hasta los años 1920, cuando Buenaventura superó a Barranquilla en movimiento de carga.⁸​ Al construirse en 1936 el canal de Bocas de Ceniza, que permite el ingreso de barcos hasta el terminal marítimo reubicado desde entonces cerca del casco urbano de Barranquilla, el muelle de Puerto Colombia quedó condenado al olvido e inició su progresivo deterioro.⁹​

En 1956 se creó una junta prodefensa del muelle y una delegación de Puerto Colombia apoyada por otros municipios presentó una solicitud al Gobierno Nacional para que se habilitara el muelle para actividades turísticas en un Congreso Nacional de Sociedades de Mejoras Públicas

En un principio, esta obra arquitectónica fue construida como "el fortín de San Antonio", para inspeccionar y controlar el contrabando. Posteriormente en los inicios de la República, el General Tomás Cipriano de Mosquera le inyectó una importante inversión para adaptarlo como estación de control aduanero.²​

Con el transcurrir de los años se convirtió en un punto de control y defensa, cárcel,³​ sede de un colegio, de un instituto para personas discapacitadas y un instituto académico, de la facultad de bellas artes de la Universidad del Atlántico.⁴​