Además, el Centro Atómico o INVAP con sus instalaciones situadas junto al lago, tienen una población estable de más de mil empleados por lo que suman dos focos puntuales a la contaminación urbana mencionada. A pesar que se realice el tratamiento correspondiente, este último siempre deja un residuo que se vierte de acuerdo con estándares fijados por las autoridades de agua de la región. 

El aporte doméstico de contaminantes al Nahuel Huapi se estima en 6 gramos de nitrógeno y 2 gramos de fósforo para una población bien alimentada. Cuando no existe tratamiento, esos elementos o nutrientes se vierten al lago y promueven el crecimiento de microorganismos, algas y bacterias, entre otros. 

También existe la contaminación que no se observa a simple vista, fenómenos como la transmisión de parásitos, presentes en el cuerpo de agua como subproducto de la contaminación, que no se manifiestan a simple vista. Todos estos procesos dependen de la circulación del agua.