No que toca à estrutura achamos que a maneira que optaram por distribuir a informação pode não ser a melhor, visto que deste modo dificulta a leitura. Podiam também optar por acrescentar os links dos respetivos artigos.

Sugerimos ainda que melhorem um pouco a organização do github, uma vez que tem bastante informação e a forma que esta está organizada não é muito intuitiva para quem nele pesquisa.

Bom trabalho :)

No geral o trabalho está bom : ) , podem sempre adicionar mais informações sobre o vosso gene e proteína:

Sugestão 1: Regulação

Não mostrar apenas as proteínas que regulam o vosso gene, tentem explicar o tipo de interações que acontecem entre a vossa proteína e as outras. Para isso podem utilizar literatura ou até mesmo completarem com a caracterização do tipo de interação usando o IntAct.

Sugestão 2: Ferramentas de Análise de Proteínas

Achamos que vos faltam mais ferramentas de análise das vossas proteínas. Para isso, podem consultar os Powerpoints de Labs, têm lá ferramentas utilizadas na aula que vos serviram para uma análise mais aprofundada das vossas proteínas como por exemplo: LocTree(localização subcelular), NetNGlyc (ver quantos e quais os locais de N-glicosilação) ...

Sugestão 3: Variantes

Na nossa opinião exploraram muito pouco as variantes, vejam se há alguma informação na literatura principalmente as variantes que estão mais relacionadas com a diabetes tipo 2, que mudanças têm em relação ao vosso gene e o qual é o impacto dessas mudanças no fenótipo ao qual estão associadas.

Os tópicos relativos à análise de literatura, modificações pós-tradução, alinhamentos múltiplos, filogenia, regulação, comparação de variantes do gene e o seu impacto biológico, apresentam muita pouco informação ou até mesmo nenhuma.

Apesar disso, foi possível notar que relativamente à análise das sequências e das features presentes no NCBI, esta de uma forma geral encontra-se completa. Quanto às ferramentas de análise das propriedades das proteínas, podemos notar que foram usadas algumas ferramentas mas esta análise podia ter sido mais aprofundada, podendo ter sido utilizadas outras ferramentas como por exemplo: LocTree, NetNGlyc, String e outras que foram abordadas nas aulas.

Continuação de bom trabalho!

3) Melhorar a análise dos resultados do Blast

4) Árvores filogenética - qual o significado biológico?
5) Ver recomendações globais pois muitas aplicam-se

2) Não há qualquer interpretação dos resultados do Blast nem se percebe quais as conclusões retiradas em relação a sequências homólogas

3) Parece ainda faltar alinhamentos múltiplos / Análise filogenética 

4) Ver recomendações globais pois muitas aplicam-se

2) A parte dos dominios está pouco informativa. Tentem usar ferramentas que usaram nas aulas para identificar dominios, assim como outras propriedades da proteina, como locais de glicosilação, fosforilação, etc, se acharem adequado; Pelo menos para a NOTCH podem explorar no PDB a estrutura 3D da proteína. Em relação ao erro que vos dá, atualizem o biopython, na nova versão já não dá esse erro

3) As sequencias estão a ser lidas como se fossem alinhamentos. Para fazer o alinhamento multiplo podem usar o clustal, e depois podem ler o resultado com o biopython. Tentem tornar as árvores filogeneticas mais informativas. Podem colocar o nome de cada organismo em vez do accession, ou colocar essa informação numa legenda/comentário.

4) Não digam "segundo o NCBI", mencionem os autores dos artigos. Na análise de literatura encontram as variantes associadas à doença, podem comparar as sequencias das variantes e tentar encontrar um padrão. 

5) Colocar árvores mais informativas das sequências/ organismos e interpretar.

2) Na análise de sequências, em vez de colocar as figuras, seria mais interessante resumir o que é relevante

3) As sequencias estão a ser lidas como se fossem alinhamentos. Para fazer o alinhamento multiplo podem usar o clustal, e depois podem ler o resultado com o biopython. 

4) Mudar cabeçalhos blast para blastn e blastp

5) Podem interpretar muito melhor resultados do Blast e indicar como selecionam sequências para AM/AF

6) No LocTree3 coloquem o resultado como imagem porque o link expira.

2) Deverão explorar as ferramentas de análise de proteínas, interpretando os resultados em conjugação com a informação de BDs e literatura

3) Árvores devem ser melhor interpretadas; colocar ids nas sequências mais interpretáveis

2) Está muito técnico, só informam como fazer a análise, faltando em muitos casos enquadramento biológico e interpretação de resultados

3) Necessário melhorar análise dos resultados do Blast, nomeadamente na seleção de sequencias homólogas que possam depois ser usadas em Alinhamento Múltiplo/ Filogenia