Ông sinh ngày 5 tháng 7 năm Bính Ngọ (2 tháng 8 năm 1726) tại một gia đình nông dân tại làng Diên Hà, huyện Diên Hà, trấn Sơn Nam, nay là thôn Đồng Phú thuộc xã Độc Lập, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình.

Ông là con trai cả của ông Lê Phú Thứ (sau đổi là Lê Trọng Thứ),^[4] đỗ Tiến sĩ năm Bảo Thái thứ 2 (Giáp Thìn, 1721) và làm quan trải đến chức Hình bộ Thượng thư, tước Nghĩa Phái hầu. Ông Lê Trọng Thứ sinh năm 1694 và có hiệu là Trúc Am. Tổ tiên vốn là họ Lý ở huyện Đông Ngàn, trấn Kinh Bắc. Vì tránh nạn nên gia đình ông dời về ở xã Vị Dương (nay là huyện Thái Thụy, Thái Bình). Về sau gia đình ông lại đến ngụ cư ở xã Diên Hà, huyện Hưng Hà cùng tỉnh.^[4] Mẹ Lê Quý Đôn tên Trương Thị Ích, là con gái thứ bà của Trương Minh Lượng, đỗ Tiến sĩ khoa Canh Thìn (1700), trải nhiều chức quan, tước Hoằng Phái hầu.

Ông là con trai cả của ông Lê Phú Thứ (sau đổi là Lê Trọng Thứ),^[4] đỗ Tiến sĩ năm Bảo Thái thứ 2 (Giáp Thìn, 1721) và làm quan trải đến chức Hình bộ Thượng thư, tước Nghĩa Phái hầu. Ông Lê Trọng Thứ sinh năm 1694 và có hiệu là Trúc Am. Tổ tiên vốn là họ Lý ở huyện Đông Ngàn, trấn Kinh Bắc. Vì tránh nạn nên gia đình ông dời về ở xã Vị Dương (nay là huyện Thái Thụy, Thái Bình). Về sau gia đình ông lại đến ngụ cư ở xã Diên Hà, huyện Hưng Hà cùng tỉnh.^[4] Mẹ Lê Quý Đôn tên Trương Thị Ích, là con gái thứ bà của Trương Minh Lượng, đỗ Tiến sĩ khoa Canh Thìn (1700), trải nhiều chức quan, tước Hoằng Phái hầu.

2                                                 MẸ TÔI

Mẹ tôi là người phụ nữ tần tảo, hi sinh vì chồng con. Quanh năm chân lấm tay bùn nuôi đàn con thơ. Từ việc bé đến việc to, việc trong nhà đến việc của láng giềng mẹ không ngần ngại giúp đỡ. Nhất là đối với các phong trào nhường cơm sẻ áo, giúp đỡ vùng miền bão lũ, mẹ luôn là người đúng lên phát động bà con xóm làng tham gia