Il terreno è montuoso per la maggior parte aspro con valli e bacini profondi, dislocato tra il Šar e il Rhodope intorno alla valle del Vardar. Tre grandi laghi, il Lago di Ocrida, il Lago Prespa e il Lago Dojran si trovano sui confini meridionali della Repubblica, tagliati dalle frontiere con l'Albania e la Grecia. Il fiume più importante è il Vardar, che prosegue in Grecia con il nome Axios.

Il clima è temperato caldo, con estati e autunni secchi, e inverni relativamente freddi con pesanti nevicate.

In seguito alle due guerre balcaniche nel 1912 e nel 1913 e la dissoluzione dell'Impero ottomano, diventò parte della Serbia. Dopo la Prima guerra mondiale la Serbia si unì al neo-formato Regno dei Serbi, dei Croati e degli Sloveni. Nel 1929, il regno fu rinominato Jugoslavia e diviso in province chiamate "banovina". Il territorio della moderna Repubblica di Macedonia divenne la Provincia di Vardar 

Nel 1941, la Jugoslavia venne occupata dalle Potenze dell'Asse. La provincia Vardarska Banovina venne spartita tra la Bulgaria e l'Italia, che al momento occupava l'Albania. Il rigido governo che le forze occupanti stabilirono nella zona incoraggiò molti slavi macedoni ad appoggiare il movimento di resistenza di Josip Broz Tito, che divenne il presidente della Jugoslavia alla fine della guerra. Dopo la conclusione della Seconda guerra mondiale, la Repubblica Popolare di Macedonia in Jugoslavia diventò una delle sei repubbliche della Repubblica Popolare Federale di Jugoslavia. In seguito alla ridenominazione della Federazione Jugoslava in Repubblica Socialista Federale di Jugoslavia nel 1963, la Repubblica Federale di Macedonia fu ridenominata allo stesso modo Repubblica Socialista di Macedonia. La repubblica si ridenominò Repubblica di Macedonia nel 1991, quando si separò pacificamente dalla Jugoslavia. Entrò in conflitto formale con la Grecia a proposito del nome ufficiale dello Stato dopo la sua dichiarazione d'indipendenza, e nel 2013 la disputa persiste.

Vista di Skopje

La Repubblica di Macedonia rimase in pace durante la Guerra civile jugoslava nei primi anni novanta ma fu parzialmente coinvolta nella Guerra del Kosovo nel 1999, quando circa 360 000 albanesi si rifugiarono dal Kosovo nel paese. I profughi ritornarono velocemente nella loro regione alla fine della guerra, ma, poco dopo, i radicali albanesi di entrambi i lati del confine presero le armi per rivendicare l'autonomia o l'indipendenza per le aree a maggioranza albanese della Repubblica. Venne combattuta una piccola guerra civile e le etnie albanesi si ribellarono, soprattutto nel nord e nell'est del paese, nel marzo/giugno del 2001. Si arrivò a una conclusione del conflitto con l'intervento di un piccolo contingente di
monitoraggio della NATO e con l'impegno del governo a riconoscere culturalmente la minoranza albanese.