Ciudades desiertas (1982) es una de sus novelas más conocidas. Narra el viaje de Susana y Eligio, una pareja con muchos conflictos, desde México hasta Estados Unidos. A través de su historia, Agustín habla sobre las diferencias culturales, los problemas de pareja y la búsqueda de identidad. La novela es divertida, ágil y al mismo tiempo profunda, muy representativa del estilo del autor.