Trong đó, vấn đề bất cập lớn nhất nằm trong cam kết Bảo lãnh Chính phủ (GGU) với nhà đầu tư nhà máy lọc hóa dầu Nghi Sơn. Cụ thể, 3 nội dung ưu đãi khiến nhà máy lọc dầu Nghi Sơn có thể làm "không cần quan tâm lời lãi" gồm:

Một, áp dụng thuế suất 10% thuế thu nhập doanh nghiệp cho toàn bộ đời của dự án.

Hai, cán cán bộ, công nhân viên làm việc trong khu kinh tế Nghi Sơn sẽ được giảm 50% nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân.
=> Xuất hiện tình trạng lương triệu đô trong doanh nghiệp thua lỗ.

Ba, trong bất cứ tình hình thị trường quan hệ cung cầu ra sao thì Việt Nam vẫn phải chịu trách nhiệm tiêu thụ 100% lượng xăng, dầu do nhà máy sản xuất ra tại cổng nhà máy.

Theo nhận định của giới chuyên môn, gây thiệt hại lớn nhất có thể kể đến việc cam kết trong 10 năm kể từ ngày nhà máy lọc hóa dầu vận hành thương mại. Nhà máy Lọc hóa dầu Nghi Sơn được áp dụng mức giá bán buôn tại cổng nhà máy là giá nhập cộng thuế nhập khẩu.

Theo đó, thuế nhập khẩu được tính vào giá là 7% với xăng, dầu; 5% với khí hóa lỏng và 3% đối với sản phẩm hóa dầu. Chính phủ đảm bảo phải thanh toán cho Nhà máy Lọc hóa dầu Nghi Sơn số tiền chênh lệch giữa thuế suất nhập khẩu thực tế và mức cam kết trong bảo lãnh chính phủ.

Theo tính toán, nếu giá dầu là 100USD/thùng thì trong 10 năm Chính phủ phải chi trả thêm cho nhà đầu tư hơn 88 nghìn tỷ đồng. Sự "bao tiêu" sản phẩm này được đánh giá trái với quy luật thị trường khi nhà máy lọc dầu Nghi Sơn có thể "ung dung" sản xuất không cần quan tâm tới đầu ra, diễn biến thị trường.