Secondo l'ipotesi avanzata da Stendhal, Mozart tentò di scoprire chi fosse il misterioso committente. Quando le forze cominciarono a mancargli per il duro lavoro e si rese conto di non riuscire ad identificare l'uomo, il compositore austriaco si convinse che il committente fosse un emissario dell'aldilà che lo avesse incaricato in realtà di scrivere la messa da Requiem per se stesso. Inoltre, allo scadere delle quattro settimane l'uomo si presentò per ritirare la composizione, che però Mozart non aveva ancora completato. Così, nonostante i sospetti del musicista, gli offrì altri cinquanta ducati e altre quattro settimane di tempo: inutili, poiché Mozart morirà lasciando l'opera incompiuta.

Una leggenda molto famosa ma totalmente infondata vuole che sia stato il musicista italiano Antonio Salieri - invidioso del talento di Mozart - a forzare il deperimento del già malato collega. Tale leggenda è stata alimentata da Aleksander Puškin nella sua opera teatrale Mozart e Salieri (1830), e ripresa negli anni settanta dal drammaturgo Peter Shaffer nell'opera teatrale Amadeus (1978). Da Shaffer il regista Miloš Forman ha tratto il suo Amadeus(1984), film nel quale tale leggenda è, appunto, narrata.

La vedova di Mozart, Constanze, delegò il completamento del Requiem (furono rinvenute decine di spartiti alla rinfusa sulla scrivania del compositore) a tre allievi del marito, per meglio avvicinarsi agli intenti originari: Joseph Eybler, Franz Freistädler e, infine, Franz Xaver Süssmayr; quest'ultimo era probabilmente stato il più vicino a Mozart negli ultimi tempi, e (come egli stesso ebbe modo di dire anni dopo, interrogato in merito all'autenticità dell'opera) ebbe probabilmente la possibilità di suonare insieme al Maestro alcuni brani del Requiem. Il suo apporto fu quello di riordinare in modo omogeneo il lavoro dei collaboratori precedenti, e di completare i brani totalmente mancanti del manoscritto. I tre allievi riuscirono a completare il Requiem, anche se si può notare la grande differenza nel modo di comporre tra il loro e quello del grande artista Mozart.

Completato quasi certamente entro la quaresima del 1792, il Requiem venne ritenuto per un certo periodo opera del solo Mozart, anche per il fatto che la calligrafia di Süssmayr risulta essere molto simile a quella di Mozart: fino agli inizi degli anni novanta del XX secolo si riteneva infatti che l'indicazione, posta in testa alla prima pagina, recitante "di me W.A Mozart mppa. 1792" fosse stata apposta da Mozart stesso. Si è poi stabilito con certezza che la firma è stata posta da Süssmayr, probabilmente per tentare di dare maggiore credibilità al lavoro nella sua globalità: va fatto notare come nessuno dei personaggi coinvolti in questa vicenda tentò mai di accampare diritti di qualsivoglia genere sul Requiem, e nessuno figurò neppure nelle prime edizioni a stampa[senza fonte].

Ciò non bastò dal momento che nel 1825 il compositore e teorico della musica tedesco Gottfried Weber pubblicò un articolo intitolato Sull'autenticità del Requiem mozartiano, nel quale sollevava enormi dubbi sulla quantità di musica effettivamente composta da Mozart e presente nella messa. La polemica continuò per vari anni costituendo varie fazioni (Beethoven, che possedeva una copia dell'articolo, riferendosi al Weber, annotò su un fianco: "o tu Arcisomaro", e ancora "o tu doppio somaro").

Fu probabilmente solo con l'edizione a stampa di Andrè del 1827 che parte dei dubbi vennero fugati: forse per la prima volta nella storia della musica, una partitura venne pubblicata con un commento critico nel quale si tentava di stabilire con certezza ciò che è certamente di Mozart e ciò che è di pugno d'altri; l'edizione Breitkopf indicò poi con una M il materiale sicuramente mozartiano e con una S quello attribuito a Süssmayr.

Come ha dimostrato il musicologo Christoph Wolff nel suo importante testo sul Requiem[1], è certo che qualche giorno dopo la morte di Mozart (il 10 dicembre), venne organizzata una funzione commemorativa durante la quale vennero eseguiti almeno l'Introitus ed il Kyrie, con coro organo e i soli archi. Questo ufficio funebre fu organizzato, a proprie spese, da Emanuel Schikaneder ed ebbe luogo nella chiesa di san Michele a Vienna.

Sulla questione dello stato di compimento della composizione non si hanno dati certi: la versione più quotata è quella descritta all'inizio di questa sezione, ma è possibile che Mozart avesse già completato anche l'Hostias almeno nelle parti vocali, mentre avesse solo delineato una struttura superficiale del resto dell'opera, struttura sulla quale si basarono poi gli allievi che la completarono. Infine esiste una versione, non accettata dalla maggior parte dei critici, secondo cui Mozart non aveva nemmeno cominciato a comporre ilLacrimosa e che avesse a malapena definito le parti vocali del Confutatis.[senza fonte]

Importante poi aggiungere la tesi formulata dal musicologo Piero Buscaroli, che ha avanzato l'ipotesi che il Requiem sia rimasto incompiuto non, come vuole la tradizione, a causa della morte del suo autore, bensì per una scelta deliberata di Mozart stesso, dovuta alla sua ripugnanza ad adempiere alla clausola contrattuale (impostagli dal committente), che gli impediva di rivendicare la paternità della sua opera. Secondo la congettura di Buscaroli, Mozart avrebbe ritenuto tale clausola talmente vessatoria da indurlo a non completare la partitura, e forse addirittura a meditarne la distruzione[2].

Mozart lasciò la partitura incompiuta: ebbe la possibilità di portare totalmente a termine solo il primo numero dell'opera (Introitus: Requiem aeternam); portò comunque come di consueto avanti la stesura dell'opera scrivendo solo le parti principali (le quattro voci del coro e dei soli - se presenti - e la linea del basso con la numerica per la realizzazione del continuo all'organo), ed indicando di tanto in tanto il motivo melodico dell'accompagnamento ove questo non fosse deducibile dalle altre parti

In questo stadio primordiale sono pervenuti Kyrie, Sequentia (con il Lacrimosa che si ferma dopo le prime otto battute sulle parole "homo reus"), e l'Offertorium. Tutto ciò è verificabile dal manoscritto originale conservato presso la Biblioteca di Stato di Vienna, ricomposto verso la metà del XIX secolo o per donazioni o per acquisizioni dopo la morte dei proprietari.

Esiste tuttavia la possibilità che Süssmayr abbia avuto accesso ad appunti ed abbozzi mozartiani non pervenutici. Constanze ebbe a dire anni dopo che in mezzo al noto disordine in cui il marito lavorava Süssmayr trovò vari "foglietti" con degli appunti: a testimonianza della veridicità di tale asserzione è nota l'esistenza di un inizio di fuga sull'amen alla fine del Lacrimosa, abbozzata su un foglio contenente anche appunti riferiti ad altri lavori (possibilità scartata da Süssmayr probabilmente per l'eccessiva difficoltà che un tale lavoro richiedeva).

In questa partitura si fondono momenti di straordinario senso teatrale melodrammatico ad altri brani rigorosamente classicheggianti. Fra i momenti di maggiore ispirazione drammatica spicca sicuramente il Lacrimosa. Il compositore riesce, attraverso l'utilizzo di brevi frasi di crome ascendenti e discendenti assegnate ai violini contornate da una scrittura corale di ampio respiro, a creare un effetto di pianto a stento trattenuto. Il Lacrimosa è per questi motivi da sempre considerato un banco di prova importante per direttori d'orchestra.

Per contrasto la rigorosissima fuga del Kyrie pone non pochi problemi di precisione ritmica e intonazione al coro, senza per altro cedere di un passo dalla drammaticità che impregna l'intera partitura mozartiana. Infine un pezzo ricorrente fra i repertori sacri di molti cantantilirici solisti è il Tuba Mirum nel quale la teatralità del compositore si fonde con la sacralità del testo, descritto attraverso un sapientissimo utilizzo, prima separato poi unito, delle quattro voci soliste.