Η Κρύπτη του Αγίου Δημητρίου βρίσκεται μέσα στον Ιερό Ναό του Αγίου Δημητρίου. Η είσοδος της βρίσκεται δίπλα από τον δεξιό πεσσό του ιερού βήματος και οδηγεί στο χώρο εκείνο που σύμφωνα με την παράδοση φυλακίσθηκε, μαρτύρησε και τάφηκε ο Άγιος Δημήτριος. Πρόκειται για το ανατολικό τμήμα του μεγάλου ρωμαϊκού λουτρού που βρισκόταν κοντά στην αγορά και το στάδιο για την εξυπηρέτηση των αθλητών. Αρχικά στην Κρύπτη οι πιστοί Θεσσαλονικείς τιμούσαν τον Άγιο Δημήτριο μέσω του αγιάσματος, που ελάμβαναν από την κρήνη στην οποία έρεε από πηγάδι που σώζεται μέχρι και σήμερα βόρεια του Ιερού. Μετά τον 10ο αιώνα, η κρήνη συνδέεται με το Μύρο που συνέλεγαν οι πιστοί από τις δεξαμενές της με διάφορα αγγεία, πήλινα, γυάλινα ή μεταλλικά. Στον χώρο της Κρύπτης υπάρχει και Παρεκκλήσιο με διάτρητο άνοιγμα στην ανατολική κόγχη του. Στην Κρύπτη λειτουργεί Έκθεση με ευρήματα κυρίως από τη Βασιλική και τις ανασκαφές στο χώρο της Κρύπτης.

Η κατακόμβη ήταν υπόγεια με μια είσοδο ψηλά στο βράχο από όπου με σκαλοπάτια κάποιος κατέβαινε στα σπήλαια με τους λαξεμένους τάφους. Δυστυχώς όμως λατομήθηκε από τους Φράγκους και τους Ενετούς για να χρησιμοποιήσουν τους μεγάλους πωρόλιθους στο χτίσιμο του κάστρου της Μεθώνης. Σήμερα φαίνονται μόνο μερικές εσωτερικές σπηλιές με τους τάφους στον τόπο που κάποτε ήταν ένα δαιδαλώδες υπόγειο ταφικό μνημείο.

Τα πρωτοχριστιανικά χρόνια τις χρησιμοποιούσαν οι Χριστιανοί ως τόπο λατρείας για να κρύβονται και έκαναν τη θεία λειτουργία επάνω σε τάφους μαρτύρων. Η ίδια παράδοση συνεχίστηκε σε αυτές τις κατακόμβες κατά τα χρόνια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας οπότε και χρησιμοποιήθηκαν ως τόπος λατρείας. Από εκείνη την περίοδο διασώζονται ακόμα αρκετές αγιογραφίες στους τοίχους των σπηλαίων.