La scelta della bandiera è il risultato di una lunga ed elaborata discussione che ebbe luogo presso il Consiglio d'Europa nella prima metà degli anni cinquanta ed il numero di stelle non è correlato al numero di stati membri, infatti le 12 stelle sono state interpretate come un simbolo antico di armonia e solidarietà a indicare, appunto, l'armonia e la solidarietà che dovrebbero caratterizzare i rapporti tra i Paesi europei.
La cronistoria della scelta della bandiera europea ha inizio con la fondazione stessa del Consiglio d'Europa, istituito nel 1949 e che già nel 1950 attivò un proprio comitato per valutare il processo di selezione di una bandiera europea.

Vennero presentate molte proposte, tra cui anche quella del politico austriaco e fondatore nel 1922 dell'Unione Paneuropea, il conte Richard Nikolaus di Coudenhove-Kalergi, contenente una croce rossa dentro un cerchio giallo su drappo blu, ma che non fu accolta per il riferimento cristiano non coerente con la partecipazione al Consiglio d'Europa di un paese membro di predominante fede musulmana, quale la Turchia. Il francese Robert Bichet propose una bandiera bianca con quindici stelle verdi, quanti erano i membri dell'organizzazione in quel momento. Un'altra proposta fu quella del Movimento Federalista Europeo che propose la propria bandiera consistente in un'ampia e verde che copriva l'intero rettangolo del vessillo, lasciando in bianco la parte tra le aste orizzontali. Parecchie furono comunque le bozze con predominanza del blu e con simbologia circolare.

Infine l'Unione europea, istituita con il trattato di Maastricht nel 1992 dai medesimi membri della Comunità europea, adottò contestualmente anch'essa la bandiera europea con le dodici stelle dorate su campo blu.

Da allora la bandiera rappresenta congiuntamente sia il Consiglio d'Europa, che l'Unione europea.