Ngọn núi lửa nổi tiếng nhất ở Nhật Bản là núi Núi Phú Sĩ, mà người Nhật gọi là Fuji-san, cao 3776 m. Sự dốc đứng và dạng hình nón gần như hoàn hảo của ngọn núi biến nó thành một cảnh tượng kỳ thú có thể nhìn thấy từ Tokyo. Núi Phú Sĩ là một điểm du lịch được ưa thích và hàng năm có nhiều người leo lên ngọn núi này. Ngọn núi lửa này phun trào lần cuối vào năm 1707 và ngủ yên từ đó đến nay. Tuy nhiên, tháng 8 năm 2000, các nhà khoa học đã phát hiện có những chấn động nhẹ bên dưới núi Phú Sĩ. Các chấn động này đang được nghiên cứu kỹ lưỡng, nhưng cũng đủ để đưa ra lời cảnh báo.

Tất cả những ngọn núi lửa đang hoạt động ở Nhật Bản đều được giám sát nghiêm ngặt để có thể đưa ra lời cảnh báo sơ tán kịp thời như núi Aso, đảo Kyushu. Tại đây đã xảy ra nhiều đợt phun trào và một trong những đỉnh núi lửa chính, đỉnh Nakadake, vẫn tiếp tục phun khí sulfua và đôi lúc có những vụ nổ miệng núi lửa. Những màn khí lưu huỳnh bốc lên từ đá dung nham cổ đầy màu sắc và nước hồ trên miệng núi lửa ánh lên kỳ quái một màu xanh luôn sôi sục ở nhiệt độ 900°C.