Elementi di origine occidentale sono la cripta e la collocazione dell'altare, non al centro della struttura ma nel presbiterio. Per questo i bracci non sono identici, ma sull'asse est-ovest hanno la navata centrale più ampia, creando così un asse longitudinale principale che convoglia lo sguardo verso l'altare maggiore, che custodisce le spoglie di San Marco. Dietro l'altare maggiore, rivolta verso l'abside, è esposta la Pala d'oro, che fa parte del Tesoro di San Marco.Il gruppo di colonne istoriate che reggono il ciborio sopra l'altare maggiore, riproducono modelli paleocristiani, con citazioni anche ricalcate, sebbene magari ricontestualizzate o anche fraintese. Questo revival appositamente ricreato è da inquadrare nel desiderio di Venezia di riallacciarsi con l'epoca di Costantino assumendosi l'eredità dell'Imperii christiani dopo aver conquistato Costantinopoli. Il presbiterio è separato dal resto della basilica da un'iconostasi, ispirata alle chiese bizantine. È formata da otto colonne in marmo rosso broccatello e coronata da un alto Crocifisso e da statue di Pier Paolo e Jacobello dalle Masegne, capolavoro della scultura gotica. Dal presbiterio si accede alla sagrestia e a una chiesetta del XV secolo dedicata a San Teodoro, realizzata da Giorgio Spavento, che ospita una Adorazione del Bambino di Giambattista Tiepolo. Degni di nota anche i pilastri a ridosso del portale, sui quali Sebastiano da Milano scolpì motivi vegetali.

Nei mosaici del ritrovamento del corpo del santo (XIII secolo), in due scene, viene mostrato l'interno della basilica e sono raffigurate la preghiera d'invocazione e quella di ringraziamento del doge, del patriarca con il suo clero, dei nobili e del popolo.

All'inizio del transetto sinistro c'è invece l'ambone doppio per la lettura delle Scritture; seguono, nella navata destra, la cappella di San Pietro e la cappella della Madonna Nicopeia, un'icona bizantina giunta a Venezia dopo la Quarta Crociata e oggetto di devozione. Sul lato nord ci sono gli ingressi alla cappella di Sant'Isidoro di Chio e alla cappella Mascoli.

La facciata presenta 2 ordini : uno al pian terreno che è scandito da 5 grandi portali che conducono all'atrio interno . 

Quella centrale è decorata in senso monumentale . 

Il secondo ordine forma una terrazza con 4 arcate cieche e una centrale in cui si apre una loggia . 

Nella facciata marmorea furono inseriti mosaici con materiale di spoglio eterogeneo . 

Le 2 porte d'ingresso all'estremità sono state realizzate con timpani ad arco riflesso di ispirazione araba , volute per ricordare Alessandria d'Egitto dove era avvenuto il martirio di San Marco . 

Le porte bronzee hanno ognuna delle origini diverse : la prima è di origine bizantina , la seconda ha un origine ancora incerta mentre la terza appartiene al XII secolo . 

L'unico mosaico rimasto della facciata è quello sopra il primo portale a sinistra che rappresenta l'ingresso di San Marco nella basilica come era allora . 

La Lunetta del portale centrale è decorata secondo un Giudizio Universale incorniciato da 3 archi scolpiti di diverse dimensioni con scene simboliche con animali . Di fronte alla basilica ci sono dei cavalli di bronzo dorato e d'argento che furono molto disprezzati peró dai Veneziani .