La villa por entonces estaba situada en las inmediaciones del río Segura, y fue víctima en el año 1545 de una riada que asoló todo el lugar, conocida como la "Riada de San Lucas". Se reconstruyó sobre un terreno más elevado que evitara posibles sucesos similares, justo donde hoy día está ubicada la localidad.

La Ermita de la Virgen Pequeña también fue reconstruida, y un hecho singular hizo que esta imagen pasara a ser llamada por los vecinos de aquel lugar como Virgen de la Salud. Cuenta la historia que a finales del siglo XVII, una trágica epidemia de peste amarilla asoló la población de Alcantarilla. Los vecinos, deshechos por las terribles pérdidas y viendo que la enfermedad no remitía, decidieron encomendarse a su patrona sacándola en procesión y rogativas (como era costumbre en la época). Para los alcantarilleros la Virgen obró en milagro al remitir entonces la enfermedad, y es por ello que desde entonces la imagen será conocida y nombrada como la Virgen de la Salud.