Ils peuvent se transmettre par l’air (voie respiratoire), par l’eau et les aliments (voie digestive) ou lors de rapport sexuel (voie génitale).

Cependant L'intérieur du corps est recouvert de membranes toujours humides qui tapissent l'intérieur des voies digestives, respiratoires et génitales:  les muqueuses qui représentent une voie d’accès fréquente pour les microbes. Cependant, malgré sa finesse, cette barrière empêche le plus souvent la pénétration des microbes en produisant de nombreuses substances chimiques comme le lysozyme qui attaque la paroi cellulaire des bactéries et les détruit ou du mucus (fluide 
épais) qui « piège » les microbes en suspension dans l’air et les poussières avant qu’ils n’atteignent les alvéoles pulmonaires. Cette muqueuse est également tapissée de cils vibratiles dont les battements refoulent vers l’extérieur le mucus et tout ce qu’il a retenu.