En su reporte sobre la Calidad del Agua, la Conagua tiene identificados esos 26 puntos en donde la contaminación de los ríos es más notoria y esto fue medido conforme a la demanda bioquímica de oxígeno, es decir, la cantidad de oxígeno que los microorganismos, especialmente bacterias tanto aeróbicas como anaeróbicas, así hongos y plancton, consumen durante la degradación de las sustancias orgánicas contenidas en la muestra, y donde a mayor porcentaje de demanda, más contaminada está el agua.

El punto más contaminado se localiza en el cruce del Arroyo Hondo con el río Turbio, en donde han sido detectados mil 500 miligramos de oxígeno por litro, es decir, prácticamente no hay posibilidad de desarrollar vida en esa zona por el alto grado de contaminación.

Óscar Reyes. (17/01/22). El sol de león. Guanajuato. Identifica Conagua 10 puntos con extrema contaminación de ríos en Guanajuato. https://www.elsoldeleon.com.mx/local/identifica-conagua-10-puntos-con-extrema-contaminacion-de-rios-en-guanajuato-7740349.html

Otro factor que ha abonado a la sobre explotación de los mantos acuíferos es la deforestación en los cerros que son las zonas naturales de captación de los acuíferos y ante la falta de arbolado se complica la filtración de agua para estos.

Mauricio Coss. (31/12/21). El sol de león. Guanajuato. De los 20 acuíferos de Guanajuato, 19 están sobreexplotados. https://www.elsoldeleon.com.mx/local/de-los-20-acuiferos-de-guanajuato-19-estan-sobreexplotados-7673502.html

Ante la sobreexplotación de los acuíferos en Guanajuato se han realizado diversas  acciones, como: 

•Estudios, modelaciones y análisis. 

•Investigaciones nacionales e internacionales para el diseño de estrategias. 

•Programas y acciones de gobierno para tecnificación, medición, ahorro, cultura del agua. 

•Coordinación interinstitucional para la suma de esfuerzos y recursos en los COTAS en Guanajuato. Una alternativa para mejorar la condición del acuífero 

•Coordinación interinstitucional para la suma de esfuerzos y recursos en programas conjuntos. 

•Creación de una base social de participación de usuarios, con la creación de 14 Consejos Técnicos de Aguas (COTAS), como órganos auxiliares de los Consejos de Cuenca y un Consejo Estatal Hidráulico (CEH).