En 1806 ante  el rechazo de Nicaragua se basaba en el hecho de que no consideraba lo decretado por la Real Orden, por lo que había sido derrocada en 1806, diciendo que dependía de la capitanía general de Guatemala, aunque el Virreinato podía tomar acciones.

1803 que trasladó el control del Archipiélago de San Andrés y la Costa de Mosquitos al Virreinato de la Nueva Granada, hasta las reacciones al diferendo limítrofe proferido por la Corte Internacional de Justicia de La Haya el 19 de noviembre de 2012.

Decreto sobre la colonización en la Mosquitia: Por la transición de régimen dichos territorios quedaron bajo dominio de Colombia, llegando a ser por mucho tiempo protegidos y administrados por Colombia. 

El Tratado Clayton-Bulwer garantizaba que ni Estados Unidos, ni la Gran Bretaña, obtendrían para sí, un dominio exclusivo sobre el canal interoceánico, como tampoco pretenderían valerse de gobiernos amigos y otras maniobras para construirlo y administrarlo; mucho menos se permitía la construcción de fortificaciones o mantener el control militar de la región involucrada en el proyecto. Este tratado garantizó la tranquilidad de Colombia durante cincuenta años más, hasta que la cláusula que impedía la construcción del canal fue derogada garantizando a Estados Unidos la posibilidad de construir la vía transoceánica, esto sucedió en 1900; para 1903 Panamá se separa de Colombia convirtiéndose en una república independiente bajo la protección de Norteamérica, ese fue uno de los precios que se tuvo que pagar por proteger la Costa de Mosquitos y el Archipiélago de San Andrés, al final, tan solo quedaría el Archipiélago, pues como ya se dijo, en el Tratado Esguerra-Bárcenas Colombia renunció a la Costa de los Mosquitos a cambio del reconocimiento de Nicaragua a los derechos sobre el Archipiélago de San Andrés.