Seperti anatomi hewan, tujuannya adalah untuk mempelajari lebih lanjut tentang bagaimana organisme diletakkan bersama-sama dan bagaimana mereka bekerja, dengan informasi ini digunakan untuk memperoleh pengetahuan yang lebih dalam cara merawat tumbuhan dan cara mengatasi penyakit yang mempengaruhi mereka. fitoanatomis bekerja di sejumlah pengaturan, termasuk museum alam sejarah, arboretum, dan laboratorium yang mengembangkan tumbuhan baru untuk pertanian dan lansekap.

Fitoanatomis baik mempelajari struktur tumbuhan secara keseluruhan dan membedah mereka untuk belajar tentang bagian-bagian komponennya. Hal ini juga dapat terjadi pada tingkat mikroskopis, dengan memeriksa sel-sel anatomi tumbuhan untuk mempelajari lebih lanjut tentang fungsi mereka, dan untuk membedakan antara berbagai jenis sel tumbuhan.

Anatomi tumbuhan juga tertarik dalam pengembangan tumbuhan, dari tahap awal mereka sebagai benih sampai kematangan mereka menjadi dewasa.

Dengan membedah dan mempelajari tumbuhan, peneliti dapat belajar tentang perbedaan antara berbagai tumbuhan, yang merupakan bagian penting dari taksonomi tumbuhan. Dua tumbuhan mungkin terlihat sangat mirip di permukaan, misalnya, tetapi secara radikal berbeda ketika mereka dibedah dan dilihat di bawah mikroskop.