La organización de la naturaleza en niveles superiores al de los organismos es la que interesa a la ecología. Los organismos viven en poblaciones que se estructuran en comunidades. El concepto de ecosistema aún es más amplio que el de comunidad porque un ecosistema incluye, además de la comunidad, el ambiente no vivo, con todas las características de clima, temperatura, sustancias químicas presentes, condiciones geológicas, etc. El ecosistema estudia las relaciones que mantienen estre sí los seres vivos que componen la comunidad, pero también las relaciones con los factores no vivos.
Los ecosistemas se caracterizan por mantener un intercambio constante de materia y energía que va pasando de un ser viviente a otro, a través de las llamadas cadenas alimentarias. Las plantas (organismos productores) captan la energía solar y sintetizan materia orgánica (alimentos), tanto para ellas como para los organismos consumidores (animales) que la aprovechan, los cuales además pueden luego alimentarse unos de otros.

Al morir estos organismos actúan los descomponedores (bacterias y hongos) y los transforman en nutrientes por el suelo, los cuales serán aprovechados por las plantas, iniciándose así un nuevo ciclo.

Cabe resaltar, que actualmente los ecosistemas se enfrentan a una dificultad sin precedentes: la Humanidad. La acción incontrolada del ser humano sobre los ecosistemas como la destrucción y fragmentación de hábitats , el cambio climático, la contaminación del suelo y del agua afecta su estado de “equilibrio natural”, y el normal desarrollo y crecimiento de sus organismos en una población.

 La humanidad debe reconocer que atacar el medio ambiente pone en peligro la supervivencia de su propia especie.
El funcionamiento de todos los ecosistemas es parecido. Todos necesitan una fuente de energía que, fluyendo a través de los distintos componentes del ecosistema, mantiene la vida y moviliza el agua, los minerales y otros componentes físicos del ecosistema. La fuente primera y principal de energía es el sol.

En todos los ecosistemas existe, además, un movimiento continuo de los materiales. Los diferentes elementos químicos pasan del suelo, el agua o el aire a los organismos y de unos seres vivos a otros, hasta que vuelven, cerrándose el ciclo, al suelo o al agua o al aire. 

La ecología estudia a la naturaleza como un gran conjunto en el que las condiciones físicas y los seres vivos interactúan entre sí en un complejo entramado de relaciones. 

En ocasiones el estudio ecológico se centra en un campo de trabajo muy local y específico, pero en otros casos se interesa por cuestiones muy generales. Un ecólogo puede estar estudiando como afectan las condiciones de luz y temperatura a las encinas, mientras otro estudia como fluye la energía en la selva tropical; pero lo específico de la ecología es que siempre estudia las relaciones entre los organismos y de estos con el medio no vivo, es decir, el ecosistema.
Al estudiar los ecosistemas interesa más el conocimiento de las relaciones entre los elementos, que el cómo son estos elementos. Los seres vivos concretos le interesan al ecólogo por la función que cumplen en el ecosistema, no en sí mismos como le pueden interesar al zoólogo o al botánico. Para el estudio del ecosistema es indiferente, en cierta forma, que el depredador sea un león o un tiburón. La función que cumplen en el flujo de energía y en el ciclo de los materiales son similares y es lo que interesa en ecología. 

Como sistema complejo que es, cualquier variación en un componente del sistema repercutirá en todos los demás componentes. Por eso son tan importantes la s relaciones que se establecen

Los ecosistemas se estudian analizando las relaciones alimentarias, los ciclos de la materia y los flujos de energía.

 a) Relaciones alimentarias.-

La vida necesita un aporte continuo de energía que llega a la Tierra desde el Sol y pasa de unos organismos a otros a través de la cadena trófica.
b) Ciclos de la materia.-

Los elementos químicos que forman los seres vivos (oxígeno, carbono, hidrógeno, nitrógeno, azufre y fósforo, etc.) van pasando de unos niveles tróficos a otros. Las plantas los recogen del suelo o de la atmósfera y los convierten en moléculas orgánicas (glúcidos, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos). Los animales los toman de las plantas o de otros animales. Después los van devolviendo a la tierra, la atmósfera o las aguas por la respiración, las heces o la descomposición de los cadáveres, cuando mueren. 

 c)Flujo de energía

El ecosistema se mantiene en funcionamiento gracias al flujo de energía que va pasando de un nivel al siguiente. La energía fluye a través de la cadena alimentaria sólo en una dirección: va siempre desde el sol, a través de los productores a los descomponedores.

En contraste al acuático, en el ecosistema terrestre los individuos presentan peculiaridades considerablemente más variadas, esto es debido a los abundantes factores que condicionan a las especies. Entre estos, los más esenciales son: la disponibilidad de agua, la radiación solar, luz y nutrientes.
Son aquellos distintos hábitats terrestres alrededor de la Tierra en el que los seres vivos, animales y plantas viven en el suelo y el subsuelo. La flora y fauna se desarrolla en el propio suelo.
Es uno de los tipos de ecosistemas biológicamente más diversos y ricos qué dependen de la cantidad de la humedad, la latitud y altitud o la temperatura. Estos últimos factores determinará su clasificación.

Estos organismos forman cadenas tróficas o alimentarias que constituyen redes alimentarias que están en equilibrio ecológico entre físicos y vivos de un ecosistema. 

Con respecto a la actividad humana que los afecta, si tomamos medidas podremos habitar un mundo mejor. Desde las administraciones, concientizando a la sociedad mediante campañas, exigiendo una actitud responsable frente a las empresas, protegiendo la naturaleza, promoviendo el uso de energía renovable, hasta los mismos ciudadanos, evitando contaminar, reciclando materiales, reforestando los bosques y usando papel reciclado, viviendo en casas sostenibles, usando el transporte público o conduciendo responsablemente.