Según el decreto preparado por Martínez Salinas, en el cual el país se declara un Estado independiente de Honduras y separado absolutamente de las Provincias Unidas del Centro de América,¹​³​ por cuanto Matute no convocó a la Asamblea para las elecciones y el 9 de enero de 1839 presentó su renuncia, siendo sustituido por el consejero de gobierno Juan Francisco de Molina;⁴​dos días después se publicó la Constitución del Estado de Honduras de 1839 en la cual se sustituye el título de “Jefe de Estado de Honduras” por el de presidente de Honduras, además la forma de elección sería popular y el periodo presidencial duraría dos años.

Sus padres se trasladaron a residir a Suchitoto, en El Salvador y es por ello que desde niño Juan Antonio Medina realizó sus primeras letras en las escuelas de aquel estado centroamericano, sus progenitores deseaban otorgarle una buena educación a su hijo, por lo cual Juan Antonio Medina, fue inculcado a estudiar jurisprudencia en la Universidad de El Salvador en 1853 y seguidamente los continuase en la Universidad de San Carlos de Borromeo en Guatemala, donde obtuvo su título de abogado y un nombramiento en 1860 de magistrado de la Corte Suprema de Guatemala.

Un joven José María Medina recibe las primeras letras en la escuela elemental del maestro Eusebio Toro.

José María Medina se casó con Mariana Milla,³​ originaria de Gracias con quien procreó a Jesús María Medina Milla,⁴​ asimismo se conoce que tuvo a Tránsito Licona, originaria de El Rosario de Opoteca, como supuesta amante.

Felipe Neri era hijo del matrimonio habido entre el señor Ignacio Medina Valderas y la señora Petrona Córdova Idíaquez, empresarios mineros y hacendados de la localidad de Danlí; su madre Petrona Córdova Idíaquez era hija de José Santiago Fernández de Córdova Aranda y María Francisca Idiáquez; por otro lado maternal su abuelo José Santiago Fernández era hijo de Tomás Fernández de Córdova y Micaela Aranda, vecinos de Tegucigalpa. Mientras su padre Ignacio era originario de Danlí y en varias ocasiones fue Intendente de la ciudad.

Activista y de inclinación al Partido Liberal de Honduras se vio dentro de las corrientes activas del partido y llegando a desempeñarse en los cargos públicos siguientes: En 1907 fue nombrado Gobernador del Departamento de Intibucá; entre los años de 1909 a 1911 fue nombrado Ministro del Interior, durante la presidencia de Miguel Rafael Dávila Cuéllar

En 1877 se graduó de Bachiller en derecho civil en la Academia del Estado de Honduras y en 1880 rindió su examen ante la Corte Suprema de Justicia de Honduras para recibir el título de Abogado. A su paso por la universidad demostró su amor al estudio y su inclinación a la historia y a las letras.²​

Como Juez y Magistrado que fue en los tribunales, siempre procuro hacer honor a su profesión. En 1887 comenzó a ejercer de diputado en el Congreso Ordinario. En sus publicaciones recogió la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia y el público, anotándola con observaciones críticas. También escribió la obra magistral "Elementos de práctica forense en materia civil". Su libro Hondureñismos³​ lo consagró como literato. Entre otras obras, también publicó Aztequismo y nombres geográficos de la república de El Salvador.