Sin embargo, las potencias de esa época no reconocieron inmediatamente la independencia de Haití y no perdonaron la revolución de los esclavos; se le impusieron bloqueos económicos y no se ayudó al desarrollo del estado (por ejemplo, EE.UU. solo reconoció la independencia de Haití en 1862).^[96]​

Jacobo I decidió reunificar la isla después de que en enero de 1805 el general Ferrand atacara aldeas fronterizas desde el Este para esclavizar a adolescentes. Dessalines invadió con un poderoso ejército de 21.000 hombres el antiguo territorio español arrasando todo a su paso. Asedió Santo Domingo en marzo pero fue incapaz de tomar la ciudad fortificada y finalmente en mayo llegó una flota francesa al mando del contraalmirante conde de Missiessy y le obligó a levantar el sitio.^[97]​ Durante su retirada destruyó Santiago de los Caballeros y Moca.^[78]​ La derrota lo desprestigió y el 17 de octubre de 1806 fue asesinado en Pont Rouge, cerca de la capital, por los mulatos Pétion y Christophe, que acabaron dividiendo Haití en dos: el sur para Pétion y el norte para Christophe.

Christophe, general que en la campaña de 1805 destruyó Moca, Santiago, Monte Plata, San Pedro de Macorís y Cotuí, proclamó el Estado de Haití y se hizo elegir su presidente el 17 de febrero de 1807. En respuesta Pétion se proclamó presidente de la República de Haití el 9 de marzo de 1807, iniciándose una guerra que duró hasta 1810. La capital norteña fue Milot, aunque después pasó a Cap-Haïtien (Le Cap). El 28 de marzo de 1811Christophe estableció el Reino de Haití con sí mismo como el rey Enrique I. Su reinado se prolongó hasta una revuelta palaciega el 8 de octubre de 1820, donde acabó quitándose la vida. Su hijo, Jacques-Victor Henri de Haití(fr), fue asesinado diez días más tarde. En diciembre de 1810 Rigaud volvió a Haití y se autoproclamó presidente del departamento Sur, enfrentándose a Pétion pero murió el 18 de septiembre siguiente en Les Cayes y el territorio fue reconquistado fácilmente.