En cuanto a su política de seguridad, Moscoso enfrentó desafíos significativos. Durante su administración, los índices de criminalidad aumentaron, y su gobierno fue criticado por no implementar estrategias efectivas para combatir la inseguridad. Además, su gestión estuvo marcada por escándalos de corrupción y acusaciones de nepotismo, lo que debilitó su credibilidad y capacidad para abordar los problemas de seguridad de manera eficiente.

En resumen, Mireya Moscoso no respaldó el CMA y enfrentó dificultades en la implementación de políticas de seguridad efectivas durante su presidencia.

Se instalaría en la base de Howard, sin tropas militares permanentes. Su propósito era compartir información e inteligencia entre países. Sin embargo, no se concretó porque Estados Unidos exigía condiciones que afectaban la soberanía panameña, y hubo fuerte rechazo nacional.

• La propuesta del Centro Multilateral Antidrogas (CMA): La propuesta de EE. UU. para establecer un CMA en Panamá después de la reversión del Canal fue un punto de fricción político-militar significativo. Aunque se presentaba como un centro de monitoreo y cooperación antidrogas, muchos lo vieron como un intento de EE. UU. de mantener una presencia militar encubierta en el país, lo que generó resistencia y debate sobre la soberanía panameña. El gobierno de Moscoso se encontró con presiones para concretar este plan.

• Seguridad fronteriza y narcotráfico: La creciente preocupación por el narcotráfico y la violencia proveniente de la frontera con Colombia, especialmente por la presencia de grupos irregulares, se convirtió en un nuevo desafío de seguridad para Panamá, y un área donde EE. UU. buscaba cooperación. Esto generó discusiones sobre la asistencia de EE. UU. en la lucha antidrogas y la seguridad regional, sin que esto implicara bases militares permanentes.

• Intereses ocultos y presiones: Hubo cuestionamientos y preocupaciones en Panamá sobre si los acuerdos de seguridad y cooperación antidrogas con EE. UU. durante la administración Moscoso ocultaban intereses estadounidenses de reanudar una presencia militar o de influir de manera desmedida en la política de seguridad panameña.

• Acuerdos de cooperación en seguridad y lucha antidrogas: Ante la negativa de un CMA formal, Estados Unidos buscó establecer acuerdos de cooperación en materia de seguridad, entrenamiento, apoyo logístico e intercambio de inteligencia para la lucha contra el narcotráfico y el crimen organizado. Estos acuerdos, aunque no son una "presencia militar" en el sentido de bases, permiten una interacción y apoyo continuo que puede ser interpretado como una forma de mantener influencia.

• Presiones y negociaciones constantes: Se ha reportado que el gobierno de Estados Unidos ejerció presión sobre la administración de Mireya Moscoso para concretar acuerdos de seguridad que permitieran legitimar ciertas actividades que estaban desarrollando o que buscaban llevar a cabo en el país. Esto incluyó discusiones sobre operaciones conjuntas para combatir el narcotráfico y el desarrollo de la estrategia nacional de seguridad panameña.

• Inversiones y asistencia en infraestructura de seguridad: Si bien no fue una reanudación de bases militares, la inversión de EE. UU. en instalaciones conjuntas de seguridad (como la construida cerca del aeropuerto de Tocumen en 2002-2004 para aumentar la cobertura preventiva en la Cuenca del Caribe) puede ser vista como una forma de mantener una presencia e influencia en la infraestructura de seguridad panameña.