Con el reinado de Carlos I de España, se llevó a cabo un gran número de construcciones en la ciudad de Granada, se dio la intención del modelo de conversión a la vida en el modelo de la ciudad del siglo XVI . Así la construcción de la catedral de Granada será coetánea a las del palacio cristiano de la Alhambra , la Universidad y la chancillería 

El primer proyecto fue encomendado en 1506 a Enrique Egas que concibió un templo de estilo gótico , tomando como modelo la Catedral de Toledo . Las obras comenzaron, bajo la dirección del propio Egas, con la colocación solemne de la primera piedra el 25 de marzo de 1523 . Sin embargo, fue Diego de Siloé quien, en 1529 , se encargó de las obras, que se concluyó en 1563 , presentando un nuevo proyecto mucho más ambicioso. El autor trazó las líneas renacentistas de todo el edificio sobre los cimientos góticos , con girola y cinco naves en lugar de las tres habituales, combinando en su estructura elementos de otros órdenes arquitectónicos.

Con la llegada de la política centralista de Felipe II y, en especial, con la expulsión de los moriscos de 1609 , la región perdió la parte de su fuerza económica y quedó relegada frente a otros centros locales. Sin embargo, sí, se proyecto proyectos artísticos de importancia. Es el caso de la reforma de la fachada principal emprendida por Alonso Cano en 1664 , en la que se introdujeron elementos barrocos.

La magnificencia del proyecto había sido aún mayor si se erigía las dos grandes torres de ochenta y un metro de altura previstas en los planos. El proyecto no fue terminado por diversos problemas, entre ellos la muerte de Alonso Cano en 1667 , y otros económicos, por lo que finalmente, en 1684 , la Catedral quedó con una torre, por sí solo por tres cuerpos en el lugar de los seis con un total de cincuenta y siete metros de altura.

Interior de la catedral de Granada antes de que se suprimiera el coro. Fotografía de J. Laurent , ca. 1881.

En 1706 Francisco Hurtado Izquierdo y posteriormente su colaborador José Bada construyó el sagrario real de la catedral. En él, el autor rompió su tendencia rococó , respetando la sobriedad de líneas y la estructura clásica del resto del conjunto.