1d) Para fazer o download dos dados, no site https://chelsa-climate.org/downloads/ selecionamos a versão 2.1 dos dados (versão mais atual). Dentro da pasta “Climatologies”, abrimos a sub-pasta “2071-2100”, que contém os dados para o período de tempo que vamos considerar representativo do futuro. Dentro desta pasta, na sub-pasta “GFDL-ESM4”, escolhemos as pastas “ssp126” ou “ssp585”, para cada um dos modelos acima. Nestas, na pasta “bio”, encontramos os dados que nos interessavam. Indo linha a linha, conseguimos identificar quais as variáveis que nos interessava obter.

2. Processamento dos ficheiros com o QGIS
2a) Começamos por abrir o software e guardar um projeto em branco, onde vamos fazer todo o trabalho.
2b) Importamos para o QGIS o ficheiro com a distribuição geográfica da espécie (selecionar o ficheiro com extensão .shp). Para a importação, selecionamos o tipo de ficheiro como “vetor”.
2c) Importamos - - o ficheiro tiff correspondente a cada uma das variáveis com que trabalhamos .Para a importação, selecionamos o tipo de ficheiro como “raster”.
2d) Fizmeos o corte dos mapas de cada variável de acordo com a distribuição geográfica da espécie modelo. No Painel de Ferramentas de Processamento —> GDAL —> Recortar raster pela camada de máscara:

2e) Repetimos este processo para cada uma das variáveis de interesse para as vossas espécies. Guardamos em pastas diferentes os ficheiros referentes a cada modelo climático futuro (exemplo: pastas “modelo_ssp126” e “modelo_ssp585”). Se as vossas variáveis de relevo incluíssem a elevação, usamos a mesma informação que usamos para o modelo de distribuição atual dos fenótipos, a qual já foi processada na sessão 5.
2f) Depois de termos os ficheiros modificados, apagamos os ficheiros originais por uma questão de poupança de espaço.

3. Modelação da probabilidade da distribuição futura dos fenótipos
3a) Para este momento, usamos o ficheiro de código
3b) Usamos apenas as variáveis climáticas retidas no modelo final da distribuição atual e processadas no ponto anterior.
3c) Aplicamos o código disponibilizado aos dados de cada grupo durante a aula. Os principais pontos que este código cobre são:

4. Produção de uma imagem final com o mapa de probabilidades da distribuição futura dos fenótipos
Usamos o QGIS e os mapas em formato geoTiff gerados no ponto anterior para produzir imagens finais com a probabilidade da distribuição futura dos fenótipos de inverno alternativos, em diferentes cenários climáticos.
4a) Para isso, abrimos o mapa guardado no QGIS, fazendo a importação com o tipo de ficheiro “raster”
4b) Nas propriedades da camada, no sub-menu “Simbologia”, alteramos as cores do mapa para uma rampa de cores que vá do castanho até branco, conforme são os nossos fenótipos alternativos. Começamos por escolher o tipo de render “Banda única de cor falsa”. Na opção “Rampa de cores”, escolhemos “Criar nova rampa de cores” e usamos o tipo “Gradiente”. Por fim, definimos a cor 1 como branco e a cor 2 como castanho, ou seja, os extremos da nossa rampa de cores.
4c) Para dar contexto visual da distribuição da espécie no mapa mundo, acrescentamos ao nosso mapa as fronteiras do mundo, através do ficheiro TM_WOLRD_NORDER-0.3.zip, fazendo a importação do ficheiro para o QGIS (selecionar o ficheiro com extensão .shp).

4d) De seguida, criamos a imagem final através da criação de uma nova composição de impressão. No menu “Projeto”, escolhemos “Nova composição de impressão”

4e) Por fim, exportamos a composição, no formato mais adequado ao nosso propósito (como imagem, pdf, etc.).

1. Análise de variáveis climáticas e seleção de variáveis independentes:
a) Para este primeiro momento, usamos o ficheiro de código processing_climatic_variables.R
b) Aplicamos o código disponibilizado aos dados de cada grupo durante a aula
Os principais pontos que este código cobre foram:
b1) Importação, visualização e verificação dos ficheiros das variáveis climáticas e do ficheiro com a listagem das observações das espécies.
b2) Extração da informação de cada variável climática para as coordenadas geográficas nas quais temos observações registadas.
b3) Analisar a correlação entre variáveis climáticas com base nos extraídos para cada um dos pontos geográficos com observações validadas.
b4) Seleção das variáveis independentes que usamos na modelação dos nossos mapas da distribuição atual dos fenótipos. A seleção será informada por dois pontos:

2. Modelação da probabilidade da distribuição atual dos fenótipos
a) Para este segundo momento, usamos o ficheiro de código predictions_current_pheno_distribution.R
b) Usamos apenas as variáveis climáticas independentes selecionadas no ponto anterior.
c) Aplicamos o código disponibilizado aos dados de cada grupo durante a aula
Os principais pontos que este código cobre foram:
c1) Importação e verificação dos ficheiros das variáveis climáticas e do ficheiro com a listagem das observações das espécies.
c2) Seleção das variáveis climáticas necessárias para a análise, com base no ponto anterior
c3) Produção de um modelo de probabilidade de distribuição de fenótipos com base em todas as variáveis climáticas que foram selecionadas como independentes, ou seja:

c4) Depois do modelo completo estar produzido e identificadas as variáveis significativamente correlacionadas com o fenótipo, testamos - com base no modelo completo - se há um modelo mais simplificado que explica igualmente bem a distribuição dos fenótipos, sem incluir variáveis pouco informativas (ou seja, aquelas que são pouco ou nada associadas ao fenótipo).
c5) Utilizando o modelo de correlação entre variáveis climáticas e o fenótipo que gerámos, assim como a informação das variáveis climáticas ao longo de toda a distribuição da espécie, projetamos para toda a distribuição (mesmo para os pontos nos quais não temos nenhuma observação registada), qual a probabilidade do animal ser branco ou castanho no inverno.

3. Processamento dos ficheiros com o QGIS
a) Começamos por abrir o software e guardar um projeto em branco, onde vamos fazer todo o trabalho. Usamos um projeto diferente daquele que foi usado para a produção do mapa com as observações da vossa espécie.
b) Importamos para o QGIS o ficheiro com a distribuição geográfica das espécies (selecionar o ficheiro com extensão .shp).
c) Importamos - à vez - o ficheiro tiff correspondente a cada uma das variáveis com que vamos trabalhar.
d) Fizemos o corte dos mapas de cada variável de acordo com a distribuição geográfica da espécies que estivemos a trabalhar. No Painel de Ferramentas de Processamento —> GDAL —> Recortar raster pela camada de máscara
e) Repetimos este processo para cada uma das 7 variáveis listadas no ponto 2. destas guidelines, assim como o ficheiro da Elevação obtido do WorldClim (ponto 1).

f) Depois de termos os ficheiros modificados, apagamos os ficheiros originais por uma questão de poupança de espaço.

4. Preparação do ficheiro com as coordenadas geográficas de cada observação
a) Abrimos o ficheiro excel onde temos estado a analisar as observações e começamos por filtrar os dados:

b) Escondemos as colunas necessárias de forma a manter apenas as colunas gbifID, decimalLatitude, decimalLongitude, cor do pelo. Copiamos os visíveis para uma nova folha no mesmo ficheiro Excel.

c) Guardamos a nova folha como ficheiro de texto, com um nome diferente.

5. Produção dos mapas no QGIS:
a) Começamos por abrir o software e guardar um projeto em branco, onde íamos fazer todo o trabalho.

b) Extraímos o ficheiro zip com o mapa mundo (TM_WOLRD_NORDER-0.3.zip) e fazemos a importação do ficheiro para o QGIS (selecionar o ficheiro com extensão .shp).

c) Extraímos o ficheiro zip com a distribuição geográfica das amostras e fizemos a importação do ficheiro para o QGIS (selecionar o ficheiro com extensão .shp).

d) Importamos o ficheiro de texto onde guardamos as informações geográficas das amostras que vamos colocar no mapa.

e) Começamos por verificar se os pontos de observação caíam todos dentro da distribuição da espécie, removendo aqueles que não o faziam (no Painel de Ferramentas de Processamento —> Sobreposição de Vetor —> Interseção OU Seleção vetorial —> Extrair por localização).

f) Para guardar o mapa, no menu “Projeto”, escolhemos “Nova composição de impressão”

g) Por fim, exportamos a composição, no formato mais adequado ao nosso propósito (como imagem, pdf, etc.). No menu do cabeçalho, selecionamos a
opção "Composição" > "Guardar como imagem".