Grande e profonda è sempre stata la devozione dei Torremaggioresi nei confronti della Madonna, a cui la popolazione si è sempre affidata, soprattutto in momenti critici.

Quello che oggi è il Santuario dedicato alla Madonna della Fontana ha origini molto antiche; infatti la primitiva cappella di Santa Maria dell’Arco, fondata dai monaci benedettini e costruita nei pressi di una fonte sorgiva, risale all’ XI secolo ed era situata a circa 200 metri dall’Abbazia benedettina di San Pietro di Torremaggiore. In seguito sarà data alla chiesa la denominazione di Santa Maria della Fontana proprio per la presenza della fonte d’acqua nelle immediate vicinanze.

La chiesa diventa meta di pellegrinaggi, sempre più numerosi, tanto da farla rientrare nel percorso dei grandi santuari dauni, come lo era quello dedicato all’Arcangelo Michele a Monte Sant’Angelo.

La fontana un tempo era dotata di due vasche, che a causa di profonde lesioni della volta e degli alti costi di manutenzione il Comune fece demolire nel 1906. Questo provocò infiltrazioni, sia nei sotterranei delle abitazioni circostanti sia nelle fondazioni della chiesa stessa, che ne resero pericolante la struttura.

La chiesa nel corso degli anni subì diversi interventi di restauro; infatti, nel XVI secolo venne ampliata dalla famiglia De Sangro, principi feudatari della zona, mentre i lavori avvenuti tra il 1916 e il 1920 gli hanno dato l’attuale aspetto neo-romanico.

L’opera di restauro del 1973-1976 ne ha modificato profondamente l’interno, dove si trovano preziose tavolette votive in argento e un affresco, probabilmente cinquecentesco, raffigurante la Madonna con San Francesco d’Assisi e Sant’Antonio da Padova.

Solo nel 1810, con l’abolizione del feudalesimo, divenne proprietà del Comune di Torremaggiore.

Inoltre, la chiesa è stata eletta a Santuario diocesano nel 1960. In più, al posto della Fontana monumentale, nel 1990 venne costruito il monumento alla Madonna della Fontana.