Il termine nasce a metà degli anni '90, quando l'ambiente era ancora poco considerato dalla politica e sempre più spesso nelle redazioni dei giornali arrivavano notizie che parlavano di ragazzi minacciati mentre andavano a una riunione contro una discarica, oppure venivano ritrovati bidoni contenenti liquidi che provocavano rossore agli occhi se ci si stava vicino, o ancora consiglieri comunali o assessori all'urbanistica di piccoli paesi del Sud venivano minacciati o si trovavano l’auto bruciata sotto casa. La parola “ecomafia” nasce dalla volontà di mettere insieme tutti quei tasselli, evitando che si facesse finta di non vedere ciò che era sotto gli occhi di tutti: che erano state ed erano ancora pagate tangenti ai politici per devastare l’ambiente, che lo sfregio del paesaggio delle regioni del Sud non era altro che un tributo per i voti dei mafiosi e un danno sociale ed economico grave.

Dal 1994 L’Osservatorio Nazionale Ambiente e Legalità di Legambiente svolge attività di ricerca, analisi e denuncia del fenomeno in collaborazione con tutte le forze dell'ordine e altri soggetti. 

Nello stesso anno è stato pubblicato il primo rapporto sull’ecomafia da Legambiente che da allora, ogni anno, fa il punto della situazione.

Il 2017 è stato l’anno del rilancio delle inchieste contro i trafficanti di rifiuti: è emerso che nel settore si concentra la percentuale più alta di illeciti, il 24%, e che esso si presenta come il cuore pulsante delle strategie eco criminali. Tra le tipologie di rifiuti che risultano maggiormente interessanti per i trafficanti ci sono i fanghi industriali, le polveri di abbattimento fumi, i Raee (rifiuti di apparecchiature elettriche ed elettroniche), i materiali plastici, gli scarti metallici (ferrosi e non), carta e cartone. Più che allo smaltimento vero e proprio è alle finte operazioni di trattamento e riciclo che in generale puntano i trafficanti, sia per ridurre i costi di gestione che per evadere il fisco. Oltre a questo, il reato contestato è quello di inquinamento ambientale, che senza dubbio è l’aspetto maggiormente preoccupante del fenomeno, a causa delle conseguenze ad esso legate.