Se considera que Atlacomulco es un ecosistema de bosque mixto y de coníferas, con especies como pino, encino, ocote, roble, fresno, madroño, textiles mexicanos, sauce llorón, cedro, eucalipto

Usos de los recursos bióticos:

• Conservación: Áreas como el Parque Estatal Isidro Fabela prohíben la explotación forestal.

• Ecoturismo: Observación de aves y actividades en sitios como la Isla de las Aves.

• Recreación: Parques y áreas naturales para senderismo y esparcimiento.

Desafíos: Tala clandestina, agricultura y erosión.

Conservación: Se realizan acciones para preservar los recursos, fomentar el uso responsable y promover la apropiación del entorno natural.

Altitud mínima: alrededor de 2,460 msnm

Altitud máxima: cercana a 3,030 msnm

Altitud promedio en la cabecera municipal: 2,540 msnm

• Clima: Predomina el templado subhúmedo en zonas bajas (lluvias en verano) y el semifrío subhúmedo en las áreas altas.

• Suelo: Regulados y zonificados para uso forestal, agrícola o de infraestructura; el crecimiento urbano genera cambios de uso que afectan los recursos naturales.

• Hidrografía: Forma parte de la cuenca del río Lerma-Santiago; existen riesgos de inundación en Isidro Fabela Norte y la gestión del agua se realiza mediante un consejo de cuenca.

• Geología: Compuesta por rocas metamórficas (Triásico-Jurásico) y materiales volcánicos y carbonatados del Mesozoico; el INEGI proporciona mapas para su estudio y evaluación de riesgos.

- Temperatura media: entre 6°C y 16°C.

- Precipitación: 800–1100 mm.

- Ubicado en el Eje Neovolcánico, con presencia de ríos intermitentes y el Río Lerma como corriente continua

El uso del suelo actual: 57.88% agrícola, 8.52% urbano.

Los cultivos predominantes: maíz, alfalfa, durazno, fresa y ciruelo.

La fragmentación del bosque y pérdida de cobertura vegetal nativa.