Después ya ubicado el alimento en el estómago, las glándulas situadas en el revestimiento del estómago producen ácidos estomacales y enzimas que descomponen químicamente los alimentos. Los músculos del estómago mezclan la comida con estos jugos digestivos. (El páncreas produce jugos digestivos que contienen enzimas que descomponen químicamente los carbohidratos, las grasas y las proteínas. El páncreas lleva los jugos digestivos al intestino delgado a través de pequeños tubos llamados conductos.)

Como parte del proceso el hígado El hígado produce un jugo digestivo llamado bilis que ayuda a digerir las grasas y algunas vitaminas. Los conductos biliares transportan la bilis desde el hígado hasta la vesícula biliar para su almacenamiento o hasta el intestino delgado para su uso. 

Ya en la penúltima fase el intestino delgado produce jugos digestivos que se mezclan con la bilis y los jugos pancreáticos para ayudar a la descomposición química de proteínas, carbohidratos y grasas. Y en el intestino grueso las bacterias en el intestino ayudan químicamente a descomponer los nutrientes restantes, de modo que el exceso de alimentos y desechos se convierte en heces.