Fue fundada el 20 de diciembre de 1971 en Francia por un grupo de médicos y periodistas.

Algunos médicos eran testigos del genocidio de la minoría Ibo, pues trabajaban en el Comite Internacionalbde la Cruz Roja (CICR).Este grupo se sentía frustado ante la obligacion de guardar silencio que exigía el CICR a sus miembros ,sobre lo visto y hecho en Biafra. El otro grupo de médicos acababa de llegar de socorrer a las víctimas de las inundaciones que asolaron Pakistán Occidental (actual Banglades).

Sedieron cuenta de que ,una vez finalizado el proceso de descolonización, el escenario internacional estaría en fase de transfomación y se imponía adaptar la ayuda humanitaria a las nuevas necesidades. A partir de ese momento, atender a las víctimas no sería suficente : habría que denunciar las violaciones de los derechos humanos, crear corrientes de opinión a traves de los medios de comunicación y profesionalizar la ayuda.

Actualmente´cuenta con casi 5 millones de socios ,2 mil voluntarios trabajando en programas humanitarios en setenta paísas y otros mil en labores administrativos. Previene y trata enfermedades como la tuberculosis, el sida y la meningitis.

La organización cuenta con cinco centros operacionales en París ,Bruselas, Ámsterdam, Barcelona y Ginebra ,así como con 14 oficinas de país en Europa, EE:UU; Japón y Australia que apoyan a los centros principales.

Además del premio Nobel de la Paz, ha ganado el premio Príncipe de Asturias de la Concordia en 1991.

Médicos Sin Fronteras trabaja por todo el mundo gracias a los voluntarios que se ofrecen, y porque tiene muchas oficinas y centros por los lugares más necesitados.