Nonostante fu commissionato da re normanni, il palazzo risente moltissimo dell’architettura araba, ed anche se nei secoli a seguire subì alcune modifiche, l’impronta arabo-normanna rimane piuttosto evidente, tanto che recentemente il castello della Zisa è stato dichiarato patrimonio dell’umanità dell’ UNESCO.
All'esterno del palazzo, sviluppato in altezza e caratterizzato da un aspetto chiuso e bloccato, la continuità dell'involucro murario veniva animata dal gioco grafico delle arcate cieche nelle quali si inserivano originariamente bifore o monofore, dai tre fornici d'accesso e dai corpi sporgenti laterali. I tre piani sono sottolineati da sottili cornici.
Dal grande fornice d'accesso, decorato da una costola bicroma nell'intradosso dell'arco e da colonnine negli stipiti con capitelli con uccelli beccanti , si accede al vestibolo e alla Sala della Fontana. Un arco barocco con affreschi mitologici, residuo delle modificazioni dei Sandoval, ha mortificato l'arco d'ingresso della sala, sottolineato da un fregio epigrafico.
La Sala della Fontana, con pianta cruciforme , rappresenta un ambiente nobile in cui la presenza di una fonte ricorda uno dei corsi d'acqua del paradiso coranico.
L'acqua sgorgava al di sotto di un' aquila mosaica , scivolava infrangendosi negli zigzag di una lastra obliqua e scorreva in una canaletta, che divideva in due l'ambiente, per poi confluire nella peschiera esterna. Arricchivano questo spazio colonnine angolari e tre splendide muqarnas in stucco.
L'edificio venne progettato in un unico contesto con la sistemazione del giardino circostante. L'inserimento del giardino progettato alla maniera araba è destinato alla contemplazione dentro un parco concepito alla maniera normanna e destinato alla caccia.
Insieme all'edificio venne costruita la Chiesa della SS.Trinità. La chiesa è ad un'unica navata separata da un grande arco dal coro rettangolare sormontato da una calotta emisferica con muqarnas in stucco.
Nella Zisa la contraddizione fra la impenetrabilità dell'esterno e lo spazio fluido e avvolgente dell'interno richiama la netta separazione tra sfera pubblica e privata del mondo orientale. Un principio geometrico di matrice culturale fatimita sovrintende a tutta la costruzione.
 Al centro del palazzo troviamo  due sale di rappresentanza, la Sala della Fontana e la Sala Belvedere in alto, qualificate da un'altezza maggiore e da un ricco apparato decorativo e Nelle due ali simmetriche laterali si trovano gli appartamenti privati del re.