La città medievale fu fondata da Berthold V di Zähringen, che salì al potere in Alta Borgognanel XII secolo. Secondo la storiografia del XIV secolo (Cronica de Berno, 1309), Berna fu fondata nel 1191 proprio da Berthold V sul fiume Aare.

Nel 1218, Berthold V morì senza designare un erede al trono; così, Berna fu dichiarata libera città imperiale dall'imperatore del Sacro Romano Impero Federico II di Svevia.

Berna fu occupata dalle truppe francesi nel 1798 durante la Rivoluzione Francese, quando fu privata di parte dei suoi territori. Riprese il territorio perduto dell'Oberland bernese nel 1802 e nel Congresso di Vienna del 1814 acquisì il territorio del Giura bernese, ancora una volta, diventando il più grande cantone della confederazione, fino a quando nel 1979avvenne la secessione del Canton Giura. Nel 1848 Berna fu dichiarata città federale e sede dell'Assemblea federale del nuovo Stato federale svizzero.

Molti congressi internazionali si svolsero a Berna, in particolare durante la prima guerra mondiale, quando la Svizzera era neutrale.

La popolazione della città passò da circa 5.000 nel XV secolo a circa 12.000 nel 1800 per poi passare ai 60.000 del 1900, superando la soglia delle 100.000 nel corso del 1920. La popolazione raggiunse il picco massimo nel corso del 1960, a 165.000, e da allora è diminuita leggermente, passando al di sotto di 130.000 nel 2000. Il 31 dicembre 2009, la popolazione residente a Berna era 130.289, di cui 101.627 erano cittadini svizzeri e 28.662 stranieri. Un'altra stima precisa che 350.000 persone vivono nell'agglomerato urbano nei dintorni della capitale elvetica.