Nel momento più alto della sua potenza l'abbazia controllava 600 tra chiese e monasteri, 132 castelli o piazzeforti e 6 città fortificate, per un totale di più di 300 villaggi: si diceva che l'abate facesse ombra alla potenza del papa, ma in realtà il suo potere era quello di un vero e proprio legatario imperiale incaricato della difesa del Lazio e della rappresentanza degli interessi imperiali presso la Santa Sede.

San Lorenzo Siro è considerato il primo fondatore di Farfa, arrivato dalla Siria insieme ad altri monaci si stabilì nel monte Luco per poi spostarsi sul Monte Acuziano gettando le basi dell' abbazia su un'abbandonata villa romana.

Farfa  fu distrutta dai Longobardi per poi essere abbandonata,poi venne ripresa dal monaco Tommaso e dai suoi compagni provenienti da Gerusalemme e pellegrinati fino in Italia.

Il Duca di Spoleto: Faroaldo II, provvide abbondantemente ai loro più urgenti bisogni. Il Duca prese a ben volere Tommaso e i suoi monaci, offrendo loro terreni e fabbricati, ottenne per essi dal Papa Giovanni VII l'approvazione del nuovo Monastero (705). Con Tommaso, Farfa inizia la sua grande ascesa, oltre alla bonifica dei terreni e alle vaste piantagioni di ulivi, il patrimonio abbaziale si allarga: sorgono superbi fabbricati, la comunità si accresce, la fama si diffonde. Papi ed Imperatori elargiscono privilegi ed esenzioni. Farfa diventa così una vera potenza tra il patrimonio ecclesiastico e il Ducato di Spoleto. Tommaso muore nel suo monastero dove è tuttora sepolto (10 dic. 720).

L’abate sabino Probato nel 774 si schierò a favore dei Franchi e quindi del Papato, coinvolgendo dunque l’abbazia nella guerra tra Longobardi e Franchi. L’anno successivo Carlo Magno concesse a Farfa il titolo di “abbazia imperiale” e la conseguente esenzione dei dazi doganali da tutti i porti dell’impero carolingio.

Nel 891 subì l’assalto dei Saraceni. I monaci resistettero 7 lunghissimi anni prima di abbandonarla. Fu quindi distrutta e poi ricostruita dall’abate Ugo, che diede vita al famoso Scriptorium farfense che produsse i codici dalla caratteristica lettera maiuscola, ispirata dalla minuscola carolina. Una volta perduta la protezione imperiale si susseguirono lotte interne anche tra abati e l’intera abbazia e borgo furono alla mercé delle famiglie aristocratiche più importanti della Sabina.

Si deve agli Orsini nel 1492 la ricostruzione della chiesa e il restauro del borgo. 

L'abbazia presenta un' architettura carolingia unica in Italia che si può distinguere nella base dell'unico campanile a noi giunto e nel muro perimetrale, dove si distinguono, perfettamente conservate, le caratteristiche lesene. Il resto del campanile con le trifore è opera di un periodo successivo. 

La chiesa abbaziale è situata al centro del complesso. Essa è di tipo basilicale, con pianta a croce latina e tre navate. La facciata è a salienti e presenta, al centro un portale con cornice marmorea e sormontato da una lunetta dipinta ad affrescoraffigurante la Madonna col Bambino che viene incoronata da due angeli tra i santi Benedetto e Scolastica. Nella facciata, che termina in alto con un semplice frontonetriangolare, si aprono tre rosoni, uno in corrispondenza di ciascuna navata interna, dei quali il centrale è più grande. L'interno della chiesa, pur mantenendo la struttura originaria, è in stile barocco, con le navate divise da due file di archi a tutto sesto poggianti su colonne marmoree ioniche. La controfacciata è interamente dipinta con il Giudizio Universale.

Oltre la crociera, in asse con la navata centrale, vi è la profonda abside poligonale, con gli stalli lignei barocchi del coro dei monaci. L'altare maggiore è sormontato dal pregevole ciborio che presenta, sulla cuspide, il bassorilievo dell'Assunzione di Maria. 

All'interno del monastero, che si articola attorno al chiostro, sono esposti molti pezzi di struttura medievale. E fra questi una lapide relativa all'Abate Sicardo (IX secolo). Alla base della torre abbaziale sono stati rinvenuti degli affreschi medievali.

È annessa all'abbazia la biblioteca statale dove si possono trovare molti volumi (inclusi manoscritti, codici ecc.) che in tempi difficili non andarono in altre sedi.

L'artista Emanuele Luzzati in una sala del museo monastico ha installato un'esposizione con 12 scene e diversi riferimenti agli antichi scritti del monaco Gregorio da Catino.
Intorno l'abbazia, sorge il suggestivo Borgo di Farfa, abitato da poche decine di persone. Nel borgo sono presenti caratteristici negozi per lo più artigianali, e con prodotti tipici.