En la batalla de Junín, un general realista desconoció al virrey como su líder, obligándolo a dividir al ejército de los realistas. Bolívar aprovechó la oportunidad y buscó una batalla decisiva. Aunque el general realista evitó la lucha, Razuri decidió dar una falsa orden de Bolívar la cual consistía en atacar a ejército contrario, esto les garantizó la victoria a los patriotas. Esta victoria llevó al cambio de nombre de un escuadrón a "Húsares de Junín". Si bien Junín no representó una importante pérdida para los realistas, sí significó una importante victoria para los patriotas.

Después de Junín, los dos ejércitos continuaron maniobrando y Bolívar delegó su mando en Sucre. La batalla de Ayacucho fue sangrienta y la victoria se atribuyó a la baja moral de los realistas después de años de lucha. La capitulación de Ayacucho marcó el final del gobierno y ejército realista, y muchos de los participantes se convirtieron en líderes del Perú independiente.

En un momento en que el país tenía problemas económicos y deserciones, Bolívar recibió más de un millón de pesos del Congreso, que actuó de manera muy sumisa. Al mismo tiempo, funcionarios mal pagados del gobierno saquearon las riquezas de las provincias y se apoderaron de bienes privados, incluso cosas de valor de las iglesias para financiar al ejército.

Estas acciones no solo afectaron negativamente las finanzas del país, sino que también causaron problemas diplomáticos con otros países. Las emisiones de préstamos y la expansión del dinero llevaron a un colapso económico en Londres en 1825, lo que hizo que el Perú quedara prácticamente aislado del comercio internacional hasta la década de 1840. Esto mostró cómo los problemas causados por la corrupción y el saqueo se ocultaban aumentando la deuda pública, que finalmente recaía sobre la gente común a un costo mayor.