A lo largo de su curso, el Congo atraviesa tierras aluviales y pantanos y se alimenta de las aguas de muchos lagos y afluentes. Los lagos más importantes son Mai-Ndombe y Tumba, mientras que sus principales afluentes son los ríos Lomami, Aruwimi y Ubangi, los ríos del gran sistema fluvial del Kasaiy, ya en el extremo oriental, el río Lukuga que conecta la cuenca con el valle occidental del Rift.

Los suelos de la República Democrática del Congo son de dos tipos: los de las áreas ecuatoriales, que reciben abundantes precipitaciones durante todo el año y están cubiertas principalmente por espesos bosques, y los de las regiones más secas de la sabana, fuertemente amenazados por la erosión. Las tierras altas de la región de los Grandes Lagos en el este del Congo cuentan con suelos volcánicos muy fértiles.