Nella psicoanalisi l'impulso sessuale infantile e le sue relazioni con il rimosso sono alla base dei processi interpretativi. Molti dissensi dalle teorie di Freud, e quindi indirizzi di pensiero diversi (Adler, Jung e altri) nascono dalla contestazione del ruolo, ritenuto eccessivo, attribuito da Freud alla sessualità.

In un primo momento si dedicò allo studio dell'ipnosi e dei suoi effetti nella cura di pazienti psichiatrici, influenzato dagli studi di Josef Breuer sull'isteria, in particolare dal caso Anna O. (ossia Bertha Pappenheim, futura fondatrice dei movimenti di assistenza sociale e di emancipazione femminile), al quale s'interessò sulla base delle considerazioni di Charcot, che individuava nell'isteria un disturbo della psiche e non una simulazione, come ritenuto fino ad allora. Dalle difficoltà incontrate da Breuer nel caso, Freud costruì progressivamente alcuni principi basilari della psicoanalisi relativi alle relazioni medico-paziente: la resistenza e il transfert.

Di questo periodo furono le intuizioni che formano il nucleo della psicoanalisi: il metodo d'indagine mediante l'analisi di associazioni libere, lapsus (da cui il lapsus freudiano), atti involontari, atti mancati e l'interpretazione dei sogni, e concetti come la pulsione (Eros e Thanatos), il Complesso di Edipo, la libido, le fasi dello sviluppo psicosessuale e le componenti dell'inconscio e della coscienza: Es, Io, Super-Io, in sintesi: Es è il subconscio istintivo, primordiale, derivante dalla natura umana e spinto dalle pulsioni sessuali, Io rappresenta la parte emersa, cosciente (secondo Freud situato nella corteccia cerebrale),^[6] Super-Io una super-coscienza maturata dalla “civilizzazione” dell'uomo, il codice di comportamento (questa suddivisione richiama certe teorie neuroscientifiche come il Triune Brain).

Le idee e le teorie di Freud - viste con diffidenza negli ambienti della Vienna del XIX secolo - sono ancor oggi dibattute, non solo in ambito medico-scientifico, ma anche accademico, letterario, filosofico e culturale. Molti hanno messo in discussione l'efficacia terapeutica della psicoanalisi. Di questo fatto, lo stesso Freud era probabilmente consapevole, affermando che la psicoanalisi era una valida terapia, ma sarebbe poi stata superata da altre teorie della mente più raffinate ed evolute:

«L'avvenire forse ci insegnerà ad influenzare direttamente, con speciali sostanze chimiche, le quantità d'energia e la loro distribuzione nell'apparato psichico (…) probabilmente il futuro stabilirà che l'importanza della psicoanalisi come scienza dell'inconscio oltrepassa di gran lunga la sua importanza terapeutica.^[7][8]»