Estas zonas del genoma se denominan polimorfismos o marcadores genéticos, y son utilizadas para la identificación de personas ya que dos seres humanos no relacionados es poco probable que tengan en común los mismos marcadores genéticos. Al conjunto de polimorfismos propio de cada persona se le conoce como perfil genético o huella genética.
*registro fósil:
La paleontología es una rama de la ciencia que estudia la vida en las eras pasadas. Esta disciplina ha hecho sus aportes a la teoría de la evolución, a través del estudio de fósiles encontrados en distintos estratos de la corteza terrestre. Los restos fósiles han aportado mucha evidencia , debido a que al comparar fósiles “antiguos” con seres vivos actuales, perteneciente a la misma especie o a especies del mismo grupo se han podido explicar parte de las transformaciones ocurridas en los organismos a través de extensos períodos de tiempo. Además los restos fósiles constituyen evidencias de que en el pasado, y en diferentes períodos existían especies que no están presentes hoy, la que se conocen como especies extintas.
*Extinciones:
 La extinción es la desaparición total de una especie en el planeta. Durante la larga historia del planeta han habido muchas extinciones causadas por cambios climáticos, vulcanismo, inundaciones, sequías. Sin embargo, en los últimos años la gran mayoría de las extinciones de flora y fauna se deben al impacto directo o indirecto de las actividades humanas.
*homologías y analogías:
Dado que un árbol filogenético es una hipótesis sobre las relaciones evolutivas, para construirlo es necesario utilizar caracteres que sean indicadores fiables de una ascendencia común. Utilizamos caracteres homólogos — caracteres de diferentes organismos que se parecen porque fueron heredados de un antepasado común que también poseía ese carácter. Las cuatro extremidades de los tetrápodos son un ejemplo de caracteres homólogos. Los pájaros, murciélagos, ratones y cocodrilos, todos tienen cuatro extremidades. Los tiburones y los peces óseos, no. El antepasado de los tetrápodos evolucionó cuatro extremidades y sus descendientes han heredado ese rasgo; por lo tanto, la presencia de cuatro extremidades es una homología.