En su obra Refutación de la refutación (Tahafut al-tahafut) defiende la filosofía aristotélica frente a las afirmaciones de Al-Ghazali de que la filosofía estaría en contradicción con la religión y sería, por lo tanto una afrenta a las enseñanzas del Islam. Jacob Anatoli tradujo sus obras del árabe alhebreo durante el siglo XIII. Sus escritos influyeron en el pensamiento cristiano de la Edad Media y el Renacimiento.

A finales del siglo XII una ola de fanatismo integrista islámico invadió Al-Ándalus después de la conquista de los almohades, y Averroes fue desterrado y aislado en Lucena y Cabra, cerca de Córdoba, prohibiéndose sus obras. Meses antes de su muerte, sin embargo, fue reivindicado y llamado a la corte en Marruecos. Muchas de sus obras de lógica y metafísica se han perdido definitivamente como consecuencia de la censura. Gran parte de su obra sólo ha podido sobrevivir a través de traducciones en hebreo y latín, y no en su original árabe. Su principal discípulo fue Ibn Tumlus, quien le había sucedido como médico de cámara del quinto califa almohade Al-Nasir.