En 1884, llegó a México Kenelus Vangham un sacerdote inglés con la intención de recabar fondos para construir un templo expiatorio en Londres; el objetivo era contar con una iglesia en la que se pudiera rezar constantemente, de día y de noche, para pedir perdón a Dios por los pecados del mundo. La idea agradó sobremanera al P. José Antonio Plancarte, que se propuso ayudar al P. Vaughan, no sólo con una fuerte suma de dinero, con que él y algunos de sus hermanos, concurrieron para la obra, sino con su predicación y recomendaciones.

¿Por qué no se ha de poder hacer en México cosa semejante? se preguntaba él. ¿No ha pecado México? ¿No ha sido una nación ingrata con Dios y con los hombres? Tenemos un santo compatriota. ¿Quién le ha levantado un templo en la República? Un templo, pues, en honor del protomártir mexicano S. Felipe de Jesús, donde día y noche esté manifiesto Jesús Sacramentado, a donde sólo se vaya a orar, donde los fieles no puedan tener sino motivos de fervor, expiación y arrepentimiento, no puede dejar de ser sino muy agradable a los ojos de Dios”.

 No poco tiempo se tardó en adquirir la propiedad del terreno, venciendo las dificultades que se presentaron para arreglarlo todo conforme a la ley. El proyecto arquitectónico del Templo Expiatorio Nacional de San Felipe de Jesús fue hecho por el arquitecto Emilio Dondé. La primera piedra se colocó el 2 de agosto de 1886.

«¡Felipito santo! Alcánzame de Dios la santida

¿Con qué elementos contaba el P. Plancarte para levantar el templo? Lanzó a la publicidad una singular idea. Todo mexicano le había de prestar un peso, que devolvería, si así lo solicitaba quien se lo había prestado, al terminar la obra del Templo. Pido prestado el peso,” escribía al Dr. Mora el 26 de julio de 1885, pero todos me lo han dado. Mi deseo es que todos los mexicanos contribuyan para el templo expiatorio de S. Felipe de Jesús. Dios está bendiciendo la obra, pues hasta los mismos enemigos la han aplaudido y abrazado

La obra duró cerca de doce años. La dedicación del templo fue el 3 de febrero de 1897, la llevó a cabo el Sr. Arzobispo de México Dn. Próspero Ma. Alarcón, el P. Plancarte celebró al día siguiente, 4 de febrero la Primera Misa del Templo. Él mismo comentaba:

Al ofrecer la primera hostia en el templo de San Felipe, hecho a costa de mi predicación, mis sudores y vergüenzas, me parecía que en la patena que tenía en las manos, ofrecí el templo al Señor en expiación de mis pecados, y oí la voz de mi Padre Dios que me perdonaba y me aseguraba que yo era la víctima de expiación. Igual cosa sentía el día 5 a las doce de la noche, cuando con nueve sacerdotes ante el Santísimo, entonamos Perdona, Señor; Perdona a tu pueblo y todos los que velaban, se postraron. 

El día 5 de febrero fue la solemne inauguración, en el Tercer Centenario del martirio de San Felipe de Jesús. Mons. José María Ignacio Montes de Oca y Obregón, predicó el sermón.

Con el Templo Expiatorio Nacional de San Felipe de Jesús el P. José Antonio Plancarte podía cantar: Ahora, Señor, ya puedes dejar ir en paz a tu siervo… (Lc. 2, 29) El Venerable siervo de Dios José Antonio Plancarte y Labastida se encuentra con su Padre celestial el 26 de abril de 1898.