El Río Tijuana, ubicado en la región fronteriza Tijuana-San Diego, tiene la distinción de ser la única corriente cuyas aguas permanecen sin distribuirse binacionalmente, a pesar de la existencia del artículo, que establece expresamente los lineamientos de autoridad en torno al manejo bilateral de sus aguas, por lo que es más conocido por sus problemas crónicos de contaminación por aguas residuales sin tratar que por sus recursos naturales. En contraste con esta condición, en las últimas décadas su cuenca se ha caracterizado por ser objeto de diferentes iniciativas a nivel local binacional, la Cuenca del Río Tijuana enfrenta múltiples retos, producto básicamente del crecimiento urbano que ha tenido lugar dentro de sus límites. Entre los relacionados con los recursos hídricos se encuentra la oferta y distribución de estos, calidad del agua y saneamiento, necesidades de protección ecológica, inundaciones y control de avenidas y manejo de sedimentos. La mayoría de estos problemas requiere de un tratamiento binacional para su óptimo abordaje y manejo, con los consecuentes problemas logístico-diplomáticos. La rápida urbanización y las prácticas agrícolas son las principales fuentes contaminantes que amenazan a la CRT; a esto se agregan el crecimiento de los asentamientos humanos en la región de Tijuana y la industrialización del corredor fronterizo 

Como por ejemplo la Ley de Protección al Ambiente para el Estado de Baja California (22Feb2019) donde algunos de los puntos son muy específicos: 

Aprovechar en forma sustentable los recursos naturales e incrementar la calidad de vida de la población; Preservar y restaurar el equilibrio ecológico, así como prevenir el deterioro ambiental y de la vida silvestre, de manera que sea compatible la obtención de beneficios económicos y las actividades de la sociedad con la preservación de los ecosistemas.