los protozoarios se separan en 4 grupos tradicionales; flagelados, amebas, esporozoos y ciliados.

Los microsporidios antes clasificados como esporozoos porque poseen filamentos polares dentro de una espora incluyen a mas de 1000 especies de parasitos intracelulares que infectan hospederos invertebrados (insectos en su mayor parte) y vertebrados.

Algunos flagelados, como trichomonas vaginalis tambien tienen membranas onduladas que le ayudan a nadar. los flagelados ingieren particulas de comida a través de un surco oral (citostoma).

La mayoria de los ciliados tienen un citostoma (o boca celular) que introducen particulas de alimento a través de una citofaringe y finalmente a vacuolas donde tiene lugar la digestion. Aunque hay unas 7000 especies de ciliados, solo Balantidium coli es patogeno para los humanos y su enfermedad (la balantidiosis) es rara.

Los esporozoos pueden tener ciclos de vida complejos con mas de un hospedero. El hospedero definitivo es aquel que alberga la etapa de reproducción sexual, mientras que el hospedero intermedio brinda el entorno en el que se produce la reproduccion asexual.

Las amebas se alimentan rodeando particulas de comida con sus seudópodos. Algunas amebas tambien tienen flagelos.

Las hifas vegetativas producen zoosporas moviles, asi como hifas sexuales especializadas. Todas las cepas de los Estados unidos correspondieron a un tipo de apareamiento (sexo) denominado.

Las hifas del micelio se forman esporangios que son liberados al medio. En presencia de aqua liquida, estos germinan liberando zooesporas.