ในปี พ.ศ. 2497 เป็นปีแรกที่มหาวิทยาลัยเริ่มเปิดสอนปริญญาโท หลักสูตรแรก คือ หลักสูตร ปริญญากสิกรรม และสัตวบาลมหาบัณฑิต สาขาวิชาเอก สัตวบาล คณะเกษตรศาสตร์ นอกจากนี้ได้เปลี่ยนชื่อจาก "คณะเกษตรศาสตร์" เป็น "คณะกสิกรรมและสัตวบาล" โดยเพิ่มแผนกเคหเศรษฐศาสตร์ ขึ้นอีก 1 แผนก และเปลี่ยนชื่อแผนกฟิสิกส์และเคมีเป็น แผนกเคมี ในปี พ.ศ. 2509 ได้ตราพระราชกฤษฎีกาจัดแบ่งคณะในมหาวิทยาลัย เมื่อ 1 มีนาคม 2509 และเปลี่ยนชื่อ "คณะกสิกรรมและสัตวบาล" เป็น "คณะเกษตร" พร้อมกับแบ่งส่วนราชการใหม่ 8 แผนกวิชา ดังนี้ 1. แผนกกีฏวิทยาและโรคพืช 2. แผนกวิชาเกษตรกลวิธาน (เดิมชื่อแผนกวิศวกรรมเกษตร) 3. แผนกวิชาคหกรรมศาสตร์ (เดิมชื่อแผนกวิชาเคหเศรษฐศาสตร์) 4. แผนกวิชาพืชศาสตร์ (เดิมชื่อแผนกวิชาเกษตรศาสตร์) 5. แผนกวิชาวิทยาศาสตร์การอาหาร (เป็นแผนกวิชาใหม่) 6. แผนกวิชาเกษตรนิเทศ (เป็นแผนกวิชาใหม่) 7. แผนกวิชาสัตวบาล 8. แผนกวิชาปฐพีวิทยา (เป็นแผนกวิชาใหม่)

พ.ศ. 2511 ได้เปลี่ยนหลักสูตรปริญญาตรี เป็น 4 ปี ปี พ.ศ. 2512 มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และแบ่งภาควิชาในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยเปลี่ยนจาก "แผนกวิชา" เป็น "ภาควิชา" ทุกคณะ และเริ่มจัดตั้งส่วนราชการที่เรียกว่า "สำนักงานเลขานุการ" อยู่ในสังกัดคณะด้วย และในปีนี้ได้ตัด "แผนกวิชาเกษตรนิเทศ" ออกไปจากคณะเกษตร