Los hacendados, esclavistas y las élites militares, representantes de la facción conservadora, promovieron el levantamiento contra el gobierno de López una vez fue expedida la ley de libertad de esclavos que abolió la esclavitud, se expulsó a los jesuitas, se consagró la libertad de prensa y se suprimió la prisión por deudas. Así, Julio Arboleda y Manuel Ibáñez, esclavistas terratenientes en las provincias suroccidentales, para ser más exactos en Popayán, construyeron un ejército que con apoyo del gobierno ecuatoriano se levantó contra la administración. Sin embargo, aunque en principio fue derrotado, lograron que dicho levantamiento se extendiera en el Alto Magdalena, Mariquita y Neiva. Los ideales de los rebeldes se sintetizaban en la expresión “Convención, Dios y Sistema Federal”.Ahora bien, por parte de los liberales se denota un gran apoyo popular donde es la misma ciudadanía la que se levanta en armas y con el apoyo de la Guardia Nacional Auxiliar neutraliza las rebeliones. 

El fin de la guerra empezó a gestarse con las constantes victorias de los comandantes liberales, especialmente cuando el 1 de agosto fue arrestado el líder conservador Mariano Ospina. Finalmente, aunque la guerra no terminó porque el conflicto ideológico fuera superado o porque hubieran logrado un acuerdo, es importante mencionar que los enfrentamientos cesaron pues el 10 de septiembre el comandante conservador Tomás Herrera venció al ejército liberal liderado por Eusebio Borrero pero les concedió un indulto a los combatientes liberales lo cual declaró extinguida la rebelión.

La guerra transcurrió en medio de grandes batallas entre los ejércitos liberales y los conservadores, estos últimos apoyados por la Iglesia Católica. Pero una vez más los ejércitos conservadores fueron derrotados. Sin embargo, en el curso de la guerra el Presidente Parra declaró turbado el orden público dada la intensidad de los enfrentamientos. Fue así como el 6 de julio de 1877, aunque desde abril habían comenzado a cesar los enfrentamientos, se firmó una amnistía general para que cualquier rebelde se rindiera dentro de los 6 días siguientes salvo oficiales, clérigos y obispos que hubieran hecho parte de la rebelión. Ello permitió terminar con las medidas especiales de orden público que habían regido para mantener el orden público, como por ejemplo el toque de queda y retomar las sesiones del Congreso que se habían mantenido paralizadas.

Jorge Isaacs decide someterse, pues ya en una ocasión el ejército del gobierno había derribado el gobierno de Magdalena, y el 7 de marzo de 1880 firma un acuerdo de paz con Pedro Restrepo Uribe. En dicho acuerdo el gobierno se comprometía a pagar los empréstitos de guerra hechos por Isaacs y ambos bandos se comprometían a expedir un decreto de amnistía en favor de sus opositores. 

Sin embargo, posteriormente en ejercicio del poder Restrepo Uribe se negó a cumplir el acuerdo, y la Cámara de Representantes aprobó una resolución donde se negaba a recibir a Jorge Isaacs que había sido elegido como representante de Antioquia, por haberse rebelado contra el gobierno. Es de anotar, que aunque el acuerdo no se cumplió es un buen ejemplo para demostrar el deseo de paz en dicho momento histórico.

Como resultado de la guerra hay 10.000 muertes. Sin embargo, aunque se tiene que la guerra terminó porque los ejércitos de los liberales radicales no obtuvieron la victoria es importante anotar que desde febrero de 1885 los ejércitos revolucionarios comenzaron a suscribir capitulaciones donde se rendían ante las fuerzas del gobierno legítimo y se comprometían a mantenerse en paz. Entre las capitulaciones más destacadas se encuentran las de Manizales el 25 febrero de 1885 y las de los Guamos el 26 de agosto de 1885 que termina por aceptar la paz a lo largo del territorio nacional.

Termina con la capitulación de Capitanejo. El conflicto se gestó por el motín popular que sucedió entre el 15 y el 17 de enero de 1983, donde se derrotó el Cuerpo de Policía que dejó alrededor de 50 muertos y por el descubrimiento en 1894 de un plan guerrillero liderado por artesanos que pretendían apresar al Presidente y sus ministros. Los liberales guerreristas retomaron el plan guerrillero de los artesanos pero fracasó pues muchos de los conspiradores no llegaron al punto de encuentro. Sin embargo, el Boletín No. 2 de los revolucionarios liberales difundió información falsa sobre el secuestro del Presidente, lo cual hizo que la rebelión se extendiera en algunas regiones. 

Pero, las luchas no se extendieron mucho y los rebeldes de Cundinamarca firmaron la Capitulación de Beltrán al ser vencidos en Facatativá el 29 de enero. En el norte del Tolima el ejército dirigido por Rafael Camacho se rindió al enterarse de la derrota de las la tropas de Cundinamarca y firmaron el convenio de Beltrán, gracias al cual 1300 hombres entregaron sus  armas en Chumbamuy. Un grupo de 700 combatientes creado en el sur del Tolima se sometieron por medio de las Capitulaciones de Güejar. Por otro lado, el ejército que se gestó en Boyacá, con alrededor de 1400 hombres, al conocer la derrota de los rebeldes en Santander y ante un inminente ataque conservador firman las Capitulaciones de Capitanejo.

El Tratado de Neerlandia resultó de la iniciativa de Rafael Uribe Uribe (comandante de las tropas liberales en Magdalena y Bolívar) luego de ser derrotado en Ciénaga el 14 de octubre de 1902. Uribe acordó un armisticio de 10 días para estudiar propuestas de paz. Este fue el primero de los grandes acuerdos que pusieron fin a la última guerra civil formal que sufrió el país. En el Tratado se acordaba la retirada de las tropas liberales de Magdalena y Bolívar, amnistía del gobierno para quienes se desarmaran, asegurar a los liberales participación en todas las corporaciones electorales y el regreso a la vida pacífica.

decretó la Ley 35 que sanciona la amnistía para la desmovilización de miembros de grupos guerrilleros. En 1984 se suscribió el primer acuerdo de cese al fuego entre las FARC-EP y el Gobierno Nacional en el municipio de La Uribe (Meta) sobre la idea de una reestructuración y modernización de las instituciones, el fortalecimiento de la democracia y la constitución de garantías para ejercer la actividad política por parte de los miembros de las FARC.

Este nuevo movimiento político obtuvo en las elecciones del año 1986 casi 300 mil votos y consiguió 19 diputados, 286 concejales y una bancada de parlamentarios. Además, este partido llegó a ganar 23 alcaldías propias y 102 en coalición. Esa colectividad da el primer paso de la apertura democrática del país y refleja para la izquierda una latente aspiración de ser poder local. No obstante, la UP padeció una aniquilación en manos de los sectores radicales de ultraderecha aliados con las élites nacionales. Cerca de 4.000 militantes de este partido político fueron asesinados, desaparecidos y secuestrados. Esto generó en las FARC una profunda desconfianza hacia el establecimiento de la paz, acompañada de una radicalización en el plano militar. 

Luego de ver el éxito en la desmovilización del M-19 que les permitió a sus miembros hacer política sin armas, los integrantes del EPL decidieron negociar con el gobierno del presidente César Gaviria. Fue así como el 15 de febrero de 1991 los líderes del movimiento firmaron el pacto definitivo de desmovilización que les permitiría reintegrarse a la vida civil y convertirse en partido político, bajo el nombre de Esperanza, Paz y Libertad. De las cosas más importantes del proceso fue el proceso político de carácter democrático para llegar a tomar la decisión de desmovilizarse, lo que significaba una ruptura con sus posturas políticas ortodoxas originarias. En este proceso de paz se desmovilizó un 80% de sus combatientes, más de dos mil personas. El EPL se desmovilizó y entró a ser parte de la Asamblea Constituyente que propuso la constitución política aún vigente en el país. Si bien su desmovilización no garantizó el fin del conflicto armado en Colombia, sí permitió la creación de nuevos actores políticos que prefirieron la discusión de ideas a la confrontación armada. En 1990 el EPL empieza a publicitar su deseo de paz a través de afiches ubicados en las zonas rurales donde operaban. 
Por otro lado, en la Asamblea Nacional Constituyente hubo un vocero del Quintín Lame, junto a otros dos representantes del movimiento indígena. Desde entonces el movimiento indígena ha tenido presencia en los diversos órganos de representación política. Pero el logro más importante y sin antecedentes ha sido el reconocimiento, a partir de la Constitución, de su identidad y de los derechos derivados de su propia cultura. El Quintín Lame participa en la Asamblea Nacional Constituyente, escenarios donde promueve importantes cambios para la comunidad indígena en Colombia, siendo el reconocimiento a partir de la Constitución, el de su identidad y los derechos derivados de su cultura, el más importante. Tras la desmovilización del Quintín Lame, surge la Alianza Social Indígena como fuerza política que al día de hoy se mantiene en el escenario nacional, donde participa en el debate político de los grandes temas del país.