A1 Lab W4: Detectie van 35S promotor in plasmide deel 2: PCR by P3 Labvaardigheden (Padlet Account) https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u Periode 3 vaardigheden en-us 2023-02-06 14:02:06 UTC 2025-12-13 13:43:51 UTC hello@padlet.com https://padlet.net/icons/png/1f9ec.png 15 Planning InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104986
  • Bedenk dat het PCR-programma veel cycli heeft, bereken hoe lang het duurt voordat het hele programma afgerond is. Reken daar nog 20% tijd bij omdat het apparaat tussen elke stap moet opwarmen of afkoelen
  • Bedenk dat runnen van gel elektroforese ook tijd kost, langer dan de vorige weken wanneer je een hoger % agarosegel gebruikt. Beschrijf welke kleur uit de loading dye hoe ver gerund moet zijn wanneer je de gel wilt stoppen
    • Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:
    • Materialen verzamelen
    • Gelplek inrichten
    • Epjes beschrijven
    • agarosegel oplossing maken
    • agarosegel gieten
    • agarosegel laten stollen
    • PCR runnen (... tijd)
    • Loading dye toevoegen aan DNA monsters
    • DNA monsters in de gel doen
    • Gel runnen (stroom erop zetten)
    • Resultaten bekijken op safe imager (blauwe lichtbak) en fotograferen
    • Opruimen











    ]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104986     Overzicht experiment InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104987 2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104987 Labjournaal opzet InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104990 2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104990 10 Pipetteerschema mastermix InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104992 Noteer hier pipetteerschema's voor de mastermix

    In het voorbeeldpipetteerschema is DNA grijs doorgestreept. Dit wordt wel genoteerd omdat je de hoeveelheid ul DNA nodig hebt om het aantal ul demiwater te berekenen, maar bij het bereiden van de mastermix voeg je het DNA nog niet toe.

    Inhoud                     1 reactie (ul)         ___ reacties (ul)
    template DNA
    demiwater
    PCR buffer
    BSA
    dNTPs
    primer F
    primer R
    taq polymerase

    ]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104992     12 Pipetteerschema loading dye InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104994 Noteer hier het pipetteerschema voorhet toevoegen van loading dye aan de DNA monsters voor je ze op gel zet

    Loading dye heeft een concentratie van 6x. Je wilt een eindconcentratie van 1x en een eindvolume van 12 ul.

    loading dye ..............ul
    DNA ..........................ul
    eindvolume .........12 ul ]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104994     11 Pipetteerschema monsters bereiden uit mastermix InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104995 Noteer hier hoe je het DNA verdunt voor het experiment en hoe je individuele monsters bereidt uit de mastermix

    De precieze concentratie van gekocht DNA weet je niet. Noteer dus echt de berekening in het labjournaal zodat je het op het lab kan overdoen met de concentratie die op het epje staat.

    In de voorbeeldberekening is uitgegaan van een DNA concentratie van 34 ng/ul.

    De concentratie humaan DNA is waarschijnlijk ongeveer 100-200 ng/ul. Het kan dus dat je het nog moet verdunnen voor je het kan gebruiken.

    ul mastermix             ul DNA
    ...                                   ...

    Berekening: ...

    ]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104995     9 Pipetteerschema agarosegel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104996 Vul hier het pipetteerschema voor een 1% of 1,5% agarosegel in

    Bedenk eerst de concentratie en het eindvolume

                                            
    Agarose                               g
    TAE                                       ml
    eindvolume                          ml

    ul DNA dye toevoegen .... ul]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104996     14 Apparaatinstellingen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104997 Noteer hier instellingen voor te gebruiken apparatuur

    PCR: noteer het programma

    Agarose gelelectroforese: noteer het voltage dat je wilt gebruiken, hoelang je schat dat het duurt en hoe ver de loading dye gerund moet zijn voor je stopt (is de gele, paarse of blauwe band onderaan de gel)

    Tip: een 1,5% gel runt langzamer dan een 0,7% gel. Hoe hoger het voltage, hoe sneller de gel runt, maar ook hoe slechter de bandjes gescheiden worden.


    PCR programma: 
    ....................................................................


    Agarose gel instellingen: 
    ....................................................................]]>     2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104997     Vragen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104999 ..]]> 2023-02-06 14:02:06 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/7y6ffn2hlrvpmm0u/wish/2470104999