Las causas se refieren a la refinería de Petróleos Mexicanos (Pemex), cuatro cementeras, tres caleras y la presa Endho, que recibe las aguas residuales de la Ciudad de México y se encuentra en situación deplorable con altos niveles de Mercurio, Arsénico, Plomo, Bario y otros que generan enfermedades en los pobladores.

La refinería de Tula fue inaugurada el 18 de marzo de 1976 y ocupa una superficie de 749 hectáreas, donde hay 33 plantas para refinación y procesos, siete calderas, cinco turbogeneradores, dos unidades desmineralizadoras, nueve torres de enfriamiento y una planta de tratamiento de aguas residuales. Tiene una capacidad instalada para procesar 315,000 barriles diarios; sin embargo, durante los últimos años ha venido experimentando una reducción en el volumen de procesamiento de petróleo crudo. En 2013 operaba a 76% de su capacidad; para 2017 bajó a 47% y en 2018 a 40 por ciento. A junio de 2020 operaba a 36 por ciento. La contaminación generada en Tula llega hasta la Ciudad de México debido a que los vientos dominantes en la región van de norte a sur casi todo el año.

  El río de las avenidas antiguamente era un rio de agua limpia, pero con el paso del tiempo se usó para fines de contener torrentes en los días de precipitaciones pluviales y usadas también como drenaje de aguas negras. Este rio se extiende hacia Tizayuca y desemboca en el estado de México. Se le han realizado modificaciones en parte donde se encuentra la ciudad, para ponerle cemento y así lograr crear un sistema de drenaje más efectivo y que contribuya con la vista hermosa de este municipio.

Atraviesa la ciudad de norte a sur y se han construido ciclo vías alrededor de él, también así puentes que pasan sobre del como paso vehicular.

El río se ha entubado en 3 ocasiones ha ocupado el espacio como avenidas vehiculares denominadas viaducto nuevo hidalgo y eje viaducto río de las avenidas, siendo de las principales avenidas de Pachuca. De 2005 a 2008 tras el último entubamiento del río, en el camellón se desarrolló el complejo recreativo denominado circuito multifuncional del río de las avenidas, inaugurado en 2010.

El cauce del río, era formado con las corrientes de la Pachuca. La sub-cuenca hidrográfica del río de las avenidas ocupa el tercer lugar del estado, con una superficie de 12%. Su principal colector es el río de las avenidas, otros afluentes son el río sosa que aporta la mayor cantidad de contaminantes. Entre sus principales lagunas se encuentran: tecocomulco, tocha y alcantarillas. Gran parte del agua que se consume en Pachuca es sometida en plantas de tratamiento para su reutilización industrial y agrícola. Sin embargo, paradójicamente, este líquido, ya listo para su nuevo uso, es tirado al Río de las Avenidas en grandes cantidades de casi 50 litros por segundo. Este contrasentido se debe a la falta de cultura de la reutilización del agua que reúne todas las características para el riego de parques y jardines, obras de construcción y usos industriales.

Ley del equilibrio ecológico y protección al ambiente en el estado de Hidalgo.