El PAEC comprende  cuatro fases, las cuales  serán realizadas al inicio de cada ciclo escolar o de cada semestre, según sea la duración del PEC propuesto (semestral o anual), en cualquier caso, deberán desarrollarse de manera paralela a la implementación del MCCEMS 

Para la implementación de este programa  estarán vinculados con las progresiones académicas de las UAC del primero y segundo semestre del ciclo escolar 2023 - 2024. En este primer momento se recomienda trabajar en proyectos que impliquen la atención de problemáticas o necesidades comunitarias de baja complejidad  y apoyarse en proyectos escolares ya en curso, trabajando en su vinculación con la comunidad y abordaje transversal de progresiones de aprendizaje del currículum ampliado y fundamental. En el ciclo escolar 2024-2025, los PEC podrán apoyarse de las progresiones de aprendizaje de las UAC del primero al cuarto semestre. A partir del ciclo escolar 2025-2026 los proyectos propuestos podrán surgir de las progresiones académicas de las UAC de cualquiera de los semestres escolares. 
 

Etapa tres. Selección del problema o necesidad de la comunidad, para    
desarrollar el PEC.

Progresiones de aprendizaje de las UAC del currículum fundamental:
a) Cuidado y protección del medio ambiente y biodiversidad. b) Educación cívica y ciudadana.
c) Alfabetización y rezago educativo.
d) Seguridad y educación para la paz.
e) Derechos humanos, inclusión y no discriminación.
g) Cultura de la legalidad.
h) Emprendimiento e innovación social. 

Plan Operativo del PEC es donde se especifica cuáles, en qué tiempos y sobre qué actividades estarán desarrollando ciertas progresiones de aprendizaje.